ブクマといいねを混同されているのではないでしょうか。
アプリではブクマといいねは一緒にされてすき！になるので、ブクマといいねは同じものと思っているのかもしれません。

絶対じゃないけど支部のフィード機能とかで同じ時刻に他作品に公開ブクマしてたら、トピ主さんとだいたい判断出来たりはするかもけど、
非公開ブクマはブクマ通知来ても名前は出ないシステムだよ。推測がたまたま当たったか勘違いだと思われる。
あとはトピ主さんが非公開ブクマにしてるつもりで、出来てない可能性もあるかも。

相手が支部のアプリを入れて、いいねをする側がPCのブラウザからだといいねのみは通知が来るのでそのせいかもしれないです。
非公開ブクマにしてもいいねは通知されます。PCからだとブクマといいねは別々なので
スマホから非公開ブクマにしたらいいねとブクマ一緒なので非公開は通知が行きません
ただし長押しで非公開ブクマ出来るのを知らずに公開→非公開ブクマにした場合通知はされてしまいます。