プロットにないその場で思いついた小ネタや、めくりの調整でテンポが悪くなるのはいっそ切り捨てたほうがいいんですかね…

小ネタの有無やめくりの為の調節も全て掲載する媒体やジャンルの系統によると思いますので、ここで質問されるよりも担当の方にそのままその旨を伝えて相談した方が確実かと思います。
あくまで趣味で同人誌を描いてる一個人としては、最初のプロットの段階で複数案を出してそれを取捨選択しながらネームに落とし込むことが多いです。後からふっと湧いたネタは結構ノイズになることが多いのでネームを作ったらなるべくそこからずれないようにしていますよ。

想定よりも増えてしまった場合、増やすよりは削る方が簡単なので一度20ページのまま担当さんに見せてみたらいらない部分は削って貰えるかと思います

客観的に見てくれる人がいるなら、自分だったら見てもらうよ。

いない場合で趣味なら、全て自分の裁量だから、数日寝かせるかな。ムダが浮き上がって見えてくるからバッサリカットできる。
テンポ最優先だから。小ネタ優先の漫画なら20pダラダラ続けても、面白ければ良いと思う。