おー、ある意味私と逆だ。
私は原作に萌えて二次創作するようになって、解釈違いを起こすのでほかのひとの二次創作が読めなくなって、最終的に自分の描くものにも解釈違いを感じてその作品の二次創作をやめました。

ちょっと原作・二次創作と自分の意識の距離感(うまく文章化できませんが…)が、それぞれ近くなりすぎていると思いますよ。

二次創作ありきの考え方を休んで、原作からもしばらく離れて、距離感を調節するか。
もしくは開き直って、今の萌要素をもった一次創作に組み替えて、新たに「自分の作品」として改変するか。

いまがトピ主様にとって楽しい状態であれば好きなように創作を続ければいいと思いますが、苦しいと思われているのなら立ち止まってみるいい機会かもしれません。

ひとつ疑問に思ったのですが、トピ主さんが二次創作をしている原作は続きものなのでしょうか？
漫画数冊で完結するというのならあれですけど、続きものなら話が進むに連れて新キャラが出たり主人公の新たな一面が見えたり何かしら展開があると思うのですが、原作が読めなくなったということは、読めなくなるまで読んでいたところまでで得られた設定で二次創作をしているのでしょうか？

私は別に、いいんじゃないかなぁと思います。
楽しみ方とか作品との距離って人それぞれだと思いますし、原作のキャラを使っている創作な限りは二次創作だと思います。自分の解釈を他人に押し付けたり、公式に文句や権利を主張するのでなければ自由です。でもそんな状況が苦痛であるなら、やっぱり原作や二次界隈から距離を置いてみるといいかもしれませんね。
なんかあれですよね、自分は普通に楽しんでいるつもりだったのに、気がついたら知らない所を歩いていて周りには誰もいなくて、ただただ悲しい感じで…。トピ主さんがどのような形であれ、また自由に楽しめるようになったらいいなと思いました。