イベントごとに分けている派です。

240101イベント１
・本１―小説１.txt、小説２.txt
・本２―小説１.txt、小説２.txt

240201イベント２
……

のような感じに分けています。本にはしないものは別のファイルにジャンルでまとめ、その中にカプフォルダ作ってぐちゃッとまとめてます。整理整頓が苦手なので、今見たらぐっちゃぐちゃになっちゃってましたが……素材とかは別ファイルにジャンルごとに置いているので小説のファイルには入れてないです。本作るときに使ったものはイベントのファイルに分けてますが。

ジャンルA
∟小説1.txt
∟小説2.txt
∟小説3.txt
∟本①
　∟小説4.txt
　∟小説4.pdf

ジャンルB
∟小説1.txt
∟小説2.txt
∟小説3.txt
∟参考文献
　∟文献.pdf
　∟リンク纏め.txt

こんな感じでジャンルごとに切って短編は直置き
シリーズにしたり本にするときはジャンルフォルダ内に子フォルダ作る

トピ主の感じなら同人誌フォルダ下の子フォルダを変えればいいと思う
個人・合同・アンソロで分けるより、「出した日_題名_個人or合同orアンソロ」で子フォルダ作れば解決しそう？