＞個別にOPP袋、というか水濡れ防止のビニール袋に入れ、その上からシールで注文番号を書いたものを貼れば追加の梱包は不要
その解釈で合ってます。それをあちらで厚紙封筒に入れて送ってくれます。

＞それとももう一枚封筒を挟んだ方が安心でしょうか。
そうするとその封筒の上から配送シールを貼ってそのまま送られてしまうので厚紙封筒には入れられません。自分で厚紙やクッション封筒に入れるならいいですが、普通の茶封筒に入れるならあちらで厚紙封筒に入れてもらったほうが折れにくくなります。

OPP袋は透明なのでさすがにそのまま送ることはされませんが、下手に封筒などに入れて中身が見えない状態にしてしまうとそのまま送られる可能性が高くなりますので避けた方がいいです。