被り自体はそこまで問題ないように思う
悪しき因習村みたいに描いてたらまた別かもしれないけど…
「大きい谷があるから大谷村」くらいの単純な名付け方で由来の描写もあるなら自分は何も思わない
でももし有名な地名だったら(青い森があるから青森村、とか)当然連想するしそこをモデルにしてるのかなとは思う

実は、コメントで書かれたとおりまさに重いストーリーを展開していまして…
人がたくさん死んだり超常現象が起きたりするタイプの話を書いています
やはり実在の地名と被ったらヤバいかなと思いました

正直一次創作の規模によって全然問題にならないケースの方が殆どだとは思う。商業展開することになりました！ってなってから編集さんと改めてリネームするか悩むんでも大丈夫な気がする。
ファンが熱心に呟いたり聖地巡礼にいくと困るよねって話だから。

ただ、今この時期って地震への関心が高まってるから、ニュース速報で被害地域の都市名が上がるような状況になった場合、想定しない嫌な形で検索にかかる可能性があるよね。そういう意味で、人が沢山亡くなる話なら変えておいた方が安心かなとは思う。

この地の人は閉鎖的で…とか、悪習があったり呪われてて…って感じに、土地やその住人への悪い描写が入ると確かに少しあれかも
①"後から偶然被ってしまったと気付きましたが、実在の地名や人物とは何ら関係ありません"的に明記する
②地名を変えてしまう
くらいしか思いつかないけど、思い入れがあって決めた地名みたいだし①でも良いと思う

まあまあ有名なプロ作家さんたちに凄惨な殺人事件起こされまくってる土地在住で、ついでに不倫とか男女のもつれとかドロドロの話が多いけど（温泉地）、現地取材までしたようなリアルな街の描写で、且つそこに住んでる人間が全部悪いとか田舎胸糞的なのじゃなければフィクションだってわかるし大丈夫だと思うよ。ゴリゴリの殺人事件のミステリー小説とかでも地元の本屋に「地元が舞台のお話です！」ってコーナーに普通に並んでる。

全然問題ないと思うよ
そのくらいの単純な名付け方なら尚更「ふーん」で終わる

どうしても気になるようなら「谷→峡」みたいに同じ意味で別の漢字探すのも手だよ
音の響きを変えたくないなら異体字にするとか