トピ主さんが最終的に作りたい画面の感じにもよるのでなんとも言えないですね。
最終仕上げに合わせてお選びになるのがいいと思いますよ。

好みや作業のしやすさで選んでいいと思いますが、
モニターに映されたで漫画を読むときはモノクロよりもグレースケールで塗られたもののほうが綺麗に見えやすい気がします。私は。
トーンなどの網点は基本的に印刷用のものなので、比較したときわずかに見にくさを感じます。
でもホントに好みの差ですよ。

まずグレスケで適当に描いてみて、それをモノクロ化したものと見比べてみるといいかもしれませんね。

どっちでもいいと思います。好みで選んで大丈夫です。

でも後で同人誌として印刷するなら解像度（dpi）とアンチエイリアスが変わってくるので気をつけてください。
モノクロ2値なら600dpi以上アンチエイリアスOFFで入稿ですが、グレスケ原稿なら350dpiでもいけたりします。

白黒２値原稿は作るのにも作業するにも知識求められますが、グレスケであれば割と適当に作ってもなんとかなるのもあって、初心者ならばグレスケの方が楽かなぁ、とは思います。

トーンの濃度とか線数とかモアレとか言われても分からんでしょ？っていう。

アナログで漫画描いたことのある人・経験はないけど描き方の知識は多少なりともある人またはいかにも漫画！という画面作りをしたい人だったらモノクロ2値、漫画の描き方を全く知らない人・イラストと同じ感覚で描きたい人ならグレスケなのかなーと思います。
漫画としての見栄えの良さは断然モノクロ2値だと思いますが、こだわる理由がなくとりあえず読めたらそれでいいという感じならどっちでもやりやすい方でいいと思います。