どういう感じで清書や仕上げをされてるのか実物を見れないので想像になりますが、わたしも線画がとても苦手で、清書してみてイマイチだなと思ったらそれを修正しつつ清書1を下書きにして清書2を描くみたいな(伝わりますかね…)ことをやってました。納得できるまでこれを続けるというか。ラフ→下書き→清書の流れ一発で描けなくても何回か手間を増やすと仕上がりは上がると思います。これはもしかしたらトピ主さんが今すでにされている「線画をラフに仕上げ直す」ということに近いかもしれません。
あとは力が入りすぎてるかもしれない、とのことなのですが、たしかに画面全体を全力でおなじトーンで仕上げてしまうとパッとしない風になるかもな、と思います。どうしてかというと、どこに注目していいかわからない絵になっちゃうからです。写真のピントとおなじで「なにをいちばん写したいのか」が大事なのかなと思います。手前をぼかしたり色相や彩度、明暗差をつけたり仕上げ方って色々ありますが、足し算だけじゃなくて引き算も計算に入れてみると上手くいくかもしれないです。

落書きは勢いが出る。
本気絵は丁寧に描いた結果、一見キレイだけど面白みを感じない絵になる。
って人が多いようには感じます。

じゃあ何が面白くないのか

・勢いがなくなる。
外連味が良かったりするタイプは、丁寧に描くことでそれが失われてしまう。
手癖こそその人の絵柄だったのに、キレイに描こうとすることでそれが損なわれてしまう。
どこにでもあるような絵になってしまう。
それが「勢い」の正体なのかな、って思います。

・均等に描き込みするので絵のコンセプトが分からなくなる
イラスト世界でも視線誘導という概念が存在します。
この絵のどこを一番見て貰いたいのか、というものです。
丁寧に描くことで全体的な仕上がりは良くなるんですが、肝心の「この絵で一番見せたかった部分」が薄まって分からなくなってしまうパターン。
落書きでもこだわり部分って描き込みがなされるので一目瞭然なんですけど、本気絵だとそれが分からなくなる。
結果、歴史絵画を見てるような気持ちになってしまい鑑賞力がない人はそこで「ふーん」とチラ見して終わりになってしまう。

・本気絵を描きなれてない
色塗りをしない人は色塗りが苦手。
仕上げをしない人は仕上げが苦手。

慣れない工程をするので、どうにもそこが空振っている。
落書きばかりでたまにしか本気絵を描かない人はこのパターンが多いように思います。

　
　
自分の中では、このあたりが理由なんだろうなーと分析してます。
なので、早描きや落書きもしますが、定期的にちゃんと絵を本気で描くこともしなければならないなとスタンスを変えることを自分はしました。