(1)地の文ならメッセージアプリ、メッセージ、SNSで表現
セリフなら
>「LINEで送るね」「AirDropで送るね」
あとで送るね
>「インスタ上げていい？」
アップしていい？
上記に、画面を見せる描写を加えたりするかな…？特に前者は現実でもわざわざ「LINEするね/送るね」と言わないので行動だけサラッと言わせてしまいます。
実在の名称を出すのがもしセーフでも、個人的に現実に引き戻される感じがして好きじゃないので徹底的に伏せます。

(2)これは上の方と同じでスピーカー越し、ですかね。あとは電波を介した声、とか？

世界が便利になりすぎて、ありふれていた表現に違和感出てくるの難しいですよね〜！
二次で原作に独自のSNSとかあればだいぶ楽にはなりますが中々そう上手くもいかない…！

(1)LINEやSMS、インスタなどを表現したい場合、具体的にどう書きますか？
イメージを損なわないなら、そのまま使います。
例えばskypeが動詞化して「イプる」とか、略されて「さぎょイプ」とかって言い方がありますが、それらを的確に表現するには固有名詞を使わざるを得ません。
イメージを損なう描写、例えばTwitterで出会った人を誘い出して犯罪に巻き込むとか、犯罪行為の道具に何かの商品を使うとかの場合には固有名詞は「流行りのSNS」だとか「炭酸水」だとかって少し大きめの名詞にます。

(2)『電話越しの声』をどう表現していますか？
「スマホ越しの声」って表現にすると思います。
「〇〇越し」は割と他の表現でも使います。
「テレビ越しに聞く彼女の声は、普段とは違うものだった」とか
「HMD(VRゴーグル)越しに見るヴェネツィアの景色は、本物ではなかったが十分にリアリティがあった」とか

ありますね～そういう微妙な悩みポイント。固有名詞を出すとちょっと現実に引き戻される感覚があるので悩みます……。

(1)LINEやSMS、インスタなどを表現したい場合、具体的にどう書きますか？

LINEでの連絡は「メッセージ」か「連絡」に置き換えています。
LINEやインスタのアプリ自体のことは単に「アプリ」にしちゃいますね。文脈で読みとってもらえるだろうと思われる場合に限ってですが、たいてい通じると思います。

あとは「LINEで送るね」「AirDropで送るね」あたりは細かいことを書かず「あとで送るね」にしちゃうとか。
「インスタ上げていい？」は悩ましいですが、「写真アップしていい？」で通じると思います。

(2)『電話越しの声』をどう表現していますか？

うーん、スマホも電話だと思っているので普通に「電話越しの声」にしちゃいますかね。「受話器」は固定電話を想起させるのでちょっと違和感ありますが(笑)
「スピーカー越しの声」も使うかな。

それだけ違和感があるということは、逆に言えば読者の間に「この登場人物たちはこういうもの（スマホ・LINE・インスタetc）を使って生活しているはずだ」という明確なイメージがあるということだと思います。
なのである程度ぼかしたり省略したりしても、問題なく通じる場合が多いのではと考えています。