ローカルルールなんか知るか！って感じですね。普段から交流せずpixivオンリーの人にそんなこと言われても…ですよ。相互以外pixivのブクマしないっていうのも心底意味不明です。言い訳がましいと思います。
でも主さんが悲観するほど主さんは底辺で誰にも見られていない、期待されていなかったわけではないとは思います。
反応が自分の見えるところになければないも同然ではありますが、だったらブクマやコメントの一つでもしてくれとは思いますが、それはそれとして、本人に見られていないところでエア感想を呟くことは主さんが思っているほど得なことでも何でもないです。
個人的には本人に直接伝えるよりも好意的である場合にする手段であるとも感じます。
だって自分のフォロワーに対して、私はこの作品が好き！と公開しているわけですので、その作品を心から良いと思っていなければ、アカウントも持っていない交流していない人の作品を自分のフォロワーに向けて発信することはしません。
なのでその点については。主さんの作品が底辺で多くの人にとって需要なくつまらないものであったという考えだけは、そうではないんじゃないかなと、私は思います。

pixivに作品を復活させられるのならさせたほうがいいんじゃないかなと考えます。
それが今までこっそり見てきた人たちに喜んでもらえる一番の方法だと思います。
ただ、もちろん主さんの自由なので、主さんがやりたいようにやるのが一番です。今更になって反応されても…もう見せたくないと思われるならそれでいいと思います。
長編小説を完結させるのは大変な努力があったと思います。せっかくなので、見てもらえるなら見てもらえるところに出しておいてもいいんじゃないかなと思います。

自分はピクシブのシェアボタンから一言感想つけてツイートすることが多いです。
ブクマは非公開でしているので「この人ブクマしてないのにエア感想だけ言ってる」と思われても仕方ないかも。

暗黙の了解は本当にあるのか(その人が言ってるだけかも)わかりませんし、ツイッターやってないなら知らなくて仕方ないんじゃないですかね？

でも読んでるならブクマしなければいけないルールがあるわけでもないですし、読者には書き手のモチベを上げる義務もないです。
逆にトピ主さん側がブクマつかなくて消すのも自由です。
非公開ブクマの可能性がなくて、ブクマしてくれなかった人に悪感情を持っているなら返信しなくてもいいと思いますよ。自分はトピ主さんが作品を消した理由もわからないのに、反応ないから消したという前提でメッセージ送ってくるのなんとなく失礼だな〜と思ってしまいました。

まず大前提として、同人は個人が楽しむ分には自由な世界です。公式による二次創作ガイドラインを無視したり、匿名性を悪用して他人を傷つけたりするのは話が別ですが。周囲の顔色を窺って萎縮したり、二次創作者同士の暗黙のルールに則らなければならない決まりはないし、それを強要される筋合いもないです。

「相互以外ブクマしないのが暗黙の了解」なんてルールは初めて聞きました。加えてトピ主さんはTwitterをやっていなくて、その界隈に属していない、ただ同じジャンルを共有しているだけなのですから、本当に余計なお世話だと思います。

暗黙のルールを守ってないと空気読めない認定されるかという質問ですが、Twitterで積極的に交流していないなら「あの人（トピ主さん）はTwitterやってないから仕方ないよね」と免除（？）してくれる可能性もあるんじゃないでしょうか。
というか私も、界隈のなんちゃらが苦手なのでこの戦法をとっています。作品だけ見て欲しいし互助会なしの純粋な評価が欲しいので。界隈警察からいちゃもん付けられたこともないです。

ただ今後、界隈で気に入られたいとか恩恵を受けたいのなら、ある意味利用する価値はあるかもしれません。たとえばPixivで別にROMアカウントを作ってそっちでブクマしまくって、今までのアカウントは界隈の慣習通り作品をあげるだけにすれば界隈の暗黙ルールに反しないし、直接的な反応がないことについては「今もどこかで１分あたり10000人からのエア感想が生まれているはず！私の作品最高！」と脳内お花畑を栽培しておけばいいです。こうすればまず目をつけられることはないと思います。

直接的な反応がないだけで、作品を好きでいてくれている人は存在するというのは証明されたのですから、自信もっていいと思います。削除してしまった作品も、落ち着いたら再掲してもいいのではないでしょうか。むしろ陰ではこんなに人気だったんだ！！！とプラスに捉えて今後の創作エネルギーに変換するチャンスだと思いますよ。

メッセージへの返信はあまり細々書かず、簡単なお礼と「いつか再掲するかもしれないので、その時はまた見てください」程度の内容をみんなに返信しておけばいいのでは？あくまでも自分は自分というスタンスを取った方が、後々トラブルに巻き込まれることも少ないと思います。頑張ってください。

読者なんて勝手なものです、作品を消されてたと気づいてから作者へメッセージするなどして動く、それが利己的な思考をよく表しています。
要望されているからと作品を戻しても、いずれまた以前と同じ状態に戻ると思う。トピ主は反応を気にされるタイプのようだし、ここは外野の意見は考慮せずトピ主の意思で戻すかどうか決めないと、また要らん傷を負いそうだと危惧します。

上のコメントで「読者は書き手のモチベーションを上げる義務はない」とありましたが
その通り、義務はないです。が、消されて困る作品ならば、ある程度の反応なり、応援する姿勢を見せるくらいしててもいいんじゃないかと思う。ポチッと押すだけで救われる命がある。読む側は、作品を享受するのならそれを頭の片隅に置いて欲しい。

トピ主さんが「エア感想を言うことを交流の一部にしていただけ」と勝手に思ってしまったように、その方達も「界隈主流の方法をとっているからあの方の目にも入っているはずだ、それに対してレスポンスがないのはそういうタイプの方(反応要らない孤高の人)だからだろう」と思い込んでそう。
で、界隈主流の方法が視界に入っていなかったこと、トピ主さんが感想がモチベに繋がるタイプであり、それが原因で現状に至っている事に気付いた稀有な人が「エゴサしてみてくれ」とコメントしてきた感じに見える。

感想欲しいならTwitterやpixivで、書いたものが楽しんでもらえてるか不安だ！反応くれ！！って感想送りやすそうなツールでも置いてみればいいんじゃないでしょうか。
アウトプットせず頭の中で考えてるだけなら誰にも伝わらないのは作品も気持ちも同じだと思います。その方達も含めて。

ついでに質問に答えておくと、相手に伝わらないエア感想はよくやります。単なる呟きなら気軽にできるけど「相手に伝わる文章」を考える事は、少なくとも絵専の私にとってかなりハードルが高いです。相手が字書きさんなら、そのハードルの高さは棒高跳び級。何しろ相手のアウトプット媒体と感想送る媒体が被ってますしね。
演奏聴いた感想をモーツァルト本人に自作の曲で伝えろ、それ以外手段はない！って言われるところを想像していただけると何となく分かるんじゃないかと思います。
とはいえ、どんなにハードルが高くても頑張って送る時はあります。感想くれ！とご本人が発信しているような時です。
そういう時は、最悪ブロックされて、今後作品が読めなくなること覚悟で送ってます。全く交流がない相手に下手くそな自分の文章がどう伝わるかなんてわからないですし、雑な性格してる私から見ると字書きさんのほとんどはかなり繊細に見えるので。
自分のような取るに足りない人間が何を思ったか知りたがっていて「ここ萌える！」みたいな一言でも伝えれば喜んでもらえる人なんだ、と分かるような態度を判る形で出しておいてもらえると、上記のような人間的にはグッとハードルが下がります。

二つ目の質問に関しては、単に界隈をリサーチしない人、あるいはリサーチしてもそれを気にしない/それに囚われない人なんだな、というイメージを持つくらいです。

他の人も言ってますが
・非公開ブクマという機能があるから、その暗黙の了解とやらは実質ほとんど意味がない
・そもそも作品を消したことに対して「ブクマが少ないから消したのだろう」と決めてかかってメッセージを送ってくるのは色々とおかしい
上記2点から、送られてきたメッセージの信憑性がかなり低いと思います。
そのような「暗黙の了解」は存在しないか、送信者中だけの妄想なのでは？と思ってしまいます。
つまりトピ主さんの経験は、本来であれば作品を消したかったから消した、で終わるはずだったのに、変な人に絡まれてしまったということなのかなと。お疲れさまでした。変な人はどこにでもいますが、絡まれると消耗しますし、どうぞゆっくり休んでください。

作品は消したままでいいです。そんな自分勝手なクソ共の為にあなたの時間を削って一生懸命書いた作品を見せる必要なんて一切ないですよ！
もうトピ主さんの文を読んでて本当に心底そいつらに腹が立ちました。
そもそもエア感想なんて知るかよって感じですよね。感想なら直接送ってこいよと。
そいつからのメールは完全無視でいいですよ。返す必要性なんて一切ありません。
ブクマ付けてくれた人達にも、あなたが返信が負担でなければしても問題ありませんが、私は別にその人達にも返信しなくてもいいと思います。だってそいつらも感想送ってきてないんだもの。
感想送ってきてくれた人にだけ（もしその人がメールを送ってきてれば）返せばいいと思います。
トピ主さん本当にお疲れ様でした…私なら界隈の人間残らず全員永久ブロックしたうえでジャンル撤退するレベルで腸が煮えくり返る案件なので、そうしないトピ主さんは本当に優しくていい人なんだなと思いました。頑張ってください。

どこをホームにしているか、で価値観が違うんだと思う
Twitterにいる人達はTwitterが交流サイトだからpixivは作品を見るだけのサイト
pixivを主体にしている人はpixivそのものを交流サイトとしても使っている
Twitterは最近はアカウントを持っていないと検索やツイートのリプライも見れなくなったから
ますますやってない人は蚊帳の外なんだけど、Twitterを主体にやっている人達は
作者はTwitterやってるかエゴサしているものとして呟いている

村ルールはそうそう変えられるものではないので
ジャンル移動することをオススメします。ちゃんと感想もらえるとこではもらえますよ