web用に書きだした画像がチカチカして見えるって事ですかね？
原稿サイズが大きいからwebで見るにはかなり縮小しないといけないのに、線数が細かすぎて縮小するとトーンが潰れてしまう為、web用に向いていない原稿になっていのでは…？と思いました。

原稿サイズはA5,B5で描く人が多く、線数は60の人が多いように思います。原稿の縮小率がトピ主さんより低く、トーンもあまり潰れないです。
web用のみの原稿なら上記数値を目安に仕様を変えてみてはいかがでしょうか？
印刷原稿であれば紙面上は85線は細かくて綺麗なので(印刷時に違和感があるのなら線画が細すぎてトーンに負けているのかもしれません)、お困りなのはサンプルでの違和感かと存じます。
その場合はぼかしをかけてから縮小保存する事でモアレを抑えたweb用の画像が作れます。詳しくは「ガウスぼかし　モアレ」で検索するといろんな方が説明されているので、それを参考にしながら自分の原稿にあったぼかしの数値を見つけてください。
見当違いな事を言っていたらすみません。