私の場合はweb用の漫画も全て本にする漫画の練習…という位置づけで描いているので本にするしない関係なく全てA5本の原稿用サイズですね。
web用漫画として新しいサイズのファイルをいちいち作る方が面倒に思えるので、クリスタの「ファイル＞新規＞同人誌入稿」で20Pくらいのファイルを「落書き用」として作って、適当なページに書き散らしています。
本にする時は、明らかに下書き状態というものは元ファイルを下書き扱いでペン入れして仕上げなおしますが、そのまま使えるものは新しく作った入稿用ファイルの該当ページで「ページの置き換え」をして完成としています。