ラスボスということなのでバトル漫画ですかね。
私はBLという畑違いなので参考になるかわかりませんが最初はキャラから考えました。

二次創作は高校生や成人キャラにハマることが多かったので、やりやすそうな高校生学園もので描いてみたかったメカクレキャラでいこう！と方針を決めたものの、うまくストーリーが浮かばず全ボツになりました。

その後、過去にキャラデザだけ描いてちょっと黒歴史になってたオリキャラ男の娘を引っ張り出して、リメイクしてその子を主役にいろいろシチュを考えました。
女装して潜入するスパイもの、実験体にされそうになったところを変人研究者に助けられるドタバタなどいろいろ…。
何故か最終的に、その男の娘キャラが江戸時代に生きてて、放浪人の攻めにナンパされるラブコメ？が出来上がりました。

男の娘や時代物は興味ないと思い込んでいたのですが、苦手だと思ってた要素は一次創作だし都合のいい設定にしちゃえと開き直って自分好みにしたらこうなりました。
江戸時代だと身分とか制度とかめんどくさい、横文字使えないじゃんという先入観を「ドラマだって誤魔化してるとこあるし！」を言い訳にする感じで。
あと相手役は最初おじさんのつもりだったのですが、話が進むにつれて若返りました。1番最初の描写がふわっとしてて人物像があってないようなもんだったからそうなりました…。我ながらいい加減ですね。

出だしやラストとかはじめは考えないで、女の子と勘違いした暴漢に襲われたのを、助けられるシーン描こう。と萌えシチュ優先で開始。会話を考えるのが好きなので、コントみたいな短いネタを重ねていきました。
二次創作ではキャラ萌えシチュ萌えの人間だったので、一次創作もそこから詰めていった感じです。

年季の入った超長編の一次創作をしています。
強いて言えば、キャラ→世界観→→ストーリー？でしょうか。
こんなキャラが欲しい！と概要を作り、そのキャラが居ても可笑しくない世界の骨子を作り、ざっくりした流れを考え、その世界観やストーリーの大枠に収まるようキャラを調整し、そのキャラの周囲に合うようもう少し詳しく世界を作り、その世界観とキャラを組み合わせてストーリーを練り……とぐるぐるしています。追加キャラに関しては、外見や性格その他設定で外せない所を作り、世界観に合うかを確かめ…ですね。
ストーリーは、兎に角第一部はここからここまででメインキャラはこいつとこいつで、メインイベントはこれとこれでサブにこの辺、第二部は……のように区切りながらやっています。
RPG系のゲームなんかをお手本にしてみると良いかもしれません。