結局の所、起承転結のどこがストーリーの思いつきなのか、ということなのだと思います。
商業漫画の制作秘話的なものから引用して紹介します。

■起
「最終兵器彼女」高橋しん
電車の中吊り広告で「最終兵器」と「彼女」という文字がそれぞれ目に付いて、
「彼女が最終兵器だったらイヤだなぁ」という連想がキッカケだったそうです。

こうした導入重視・コンセプト押しの作品は最初の何かから積み上げてストーリーを構築することが多いみたいです。
最初の設定をどこまで活かせるか、どのように展開させるかで悩みそうですが、
「日常の中の非日常」系作品はこの手法が合うと思います。
　
　
■承
「ジョジョの奇妙な冒険」荒木飛呂彦
編集に連れられて行ったエジプト旅行が印象深く、
エジプトを旅する漫画として作ったのがジョジョだったという話です。
勿論、スタンドの設定などは前々から温めていたものかも知れません。

こうした情景描写・日常描写などを主点として、
それを成立させる前後を構築させるのは難しいですが
世界観さえ作り込んでしまえば、キャラクター質が勝手に動き出してくれるのでしょう。
「非日常の中の日常」系作品はこの手法が合うと思います。
　
　
■転
「進撃の巨人」諫山創
作者自身が「マブラヴ」というゲームから強いインスピレーションを受けていることを明かしており、
原作にはまだ描かれてはいませんが、どんでん返しの部分もまた似た描写があるのでは、と噂されています。

ネタバレも含むので作品自体にはこれ以上言及しませんが、
「◯◯が△△だったら驚くよな」という、どんでん返しがネタとして思いついて描きたい、という場合には
作中にミスリードや伏線も交えつつ描くことになるでしょう。
　
　
■結
「ミュージアム」巴亮介
「君に用意されたエンディングは３つある」というラスト描写を連載前から考えていたという作品です。
（実際には編集NGを食らって描ききれなかった）

とにかく、クライマックスやエンディングを思い描いて、そこに行き着くための下地をきっかり作るタイプですね。
その手法上、ご都合主義に陥りやすいでしょうが、下地がしっかりしているほどラストの衝撃は凄まじいものになります。
　
　
■ストーリー構築
個人的には、ストーリーを頭の中で考える上では大きく２つに分かれると思っています。
①キャラクターが勝手に動いてストーリーが進んでいくタイプ
②ストーリーに合わせてキャラクターを駒として動かしていくタイプ

先の起承転結のどれがキッカケか、で言えば
起承は①の構築、転結は②の構築になりやすいな、と感じています。

トピ主さんは恐らく転あたりの場面描写から描き始めているのでしょうか。
前後がブレてしまうと本来見せ場であった転描写が弱くなってしまいがちです。
また、キャラクターに勝手に動かれると前後のブレが起きやすくなるので、駒と割り切って描くのも１つです。
プロットなどを組んで、転を中心とした起承転結を一度書き出して固めてから作品作りされると、ブレも減るのではないでしょうか。

漫画です。
描きたいなぁという1シーンが浮かぶ→前後を考え(脳内でキャラクターに好きに喋らせ動かすイメージ)ある程度区切りが良いオチがついたらそれをプロット(セリフの羅列+ちょっと場面の補足)にする→プロットにしたら脳内で小ネームを作って何ページの漫画にするか決め1ページごとにプロットを区切る→描く
…という感じですね。8Pでも100Pでも同じやり方です。

一度だけもう描き始めないと入稿日に間に合わないという時にラストは描きながら考えればよいとオチをふわっとしか決めてない状況で本制作に入りましたが、スケジュールが狂うし焦るし出来上がった漫画はイマイチな気がするし…で私には向いていませんでした。

一次創作と二次創作でもまた違って、一次創作なら話の筋に合わせてある程度強引にキャラを動かしても成立しますが、二次創作でそれをやると｢このキャラはこんなことしない･言わない｣となりやすいです。そして二次創作では｢いかにそのキャラクターらしく物語を紡ぐか｣が重要で、それがきちんとできている作家さんの方が評価されやすいと感じています。
二次創作の場合ですが、私はまず話の転になる部分、｢このキャラにどんな事件が起きるか｣を考えます。それから｢その事件をこのキャラはどう乗り越えるか、または乗り越えられないか｣を考え、そこがぶれないように話の全体の流れを組んでいきます。途中でキャラが上手く動いてくれず最初に組んだストーリー通りにスムーズに筆が進まない時は逆にストーリーありきで｢このキャラがこういう行動に出るとしたらそれはどんなときか、どうしてか｣を考えてみると上手くいくことが多いです。