長らく二次創作BLを描いており、ふと「こういうことをさせたいけどこのキャラはしないな、言わないな」「描きたいものを版権キャラにさせてはいないか？」と思うことが多くなり、一次も始めた者です。

ガタイのいい元気なわんこキャラが好きなので、イチからねんどをこねるつもりで始めに絵にしてみました。
するとトピ主さんのおっしゃるように本当に自由なんです、制服を着ても戦闘服を着ても自分のキャラが可愛い（？？？
あまりに自由なので、次にそのキャラを律するようなクールな相手キャラを考えたり。

カプの見た目と関係性を決めてから、じゃあこの二人がのんびりできる世界はどんなだろうと言う風に考えを持っていきました。私はこの場合は現代日本の高校になりました、無難ですが…！

この二人のために世界は作れる！！と思えるくらい、自分にド直球な好みを詰め込んだキャラクターから考えてみるのはいかがでしょうか。

一次メイン漫画描きです。
少し遠回りかもしれませんが、一度BLの概念を取り外して普通のストーリーを考えてみるのはどうでしょうか。
私は表向きカップリング要素のない、老若男女いろいろなキャラが出てくる群像劇のような日常漫画を描いていて、裏垢でその登場人物の二次創作BLを描いて理解あるフォロワー数人にだけ公開しています（別垢で二次BLをやってるので他のフォロワーもなんとなく察しているだろうけど、特に何も言われないです）

自分の話になってすみませんが、私は二次BLでは主人公枠よりサブキャラ同士のカップリングにハマることが多いので、あえて主人公枠を別で立てて、さらにサブキャラ枠にも性癖を詰め込んでます。
無駄な作業に思えるかもしれませんが、その方がストーリー全体に深みが増すし、メインカプが他のキャラからどう思われているか、作中から客観的に捉えられます。ストーリー全体や他キャラとの関係性から、当初自分が思ってもなかった設定やシチュエーションが生まれて、延々1人で盛り上がってます。

トピ主さんのように初めからBLメインでお話を進めたい場合でも、広い広いストーリーの中の一節としてのBL、みたいな方法で、俯瞰して考えてみてはいかがでしょう。うまく説明できなくてすみません…

こういう展開面白い、このキャラデザ好きというような感じで作品から影響を受けて、自分だったらこういうストーリーにするかな…とアイデアを色んなところから擦り寄せてひとつの作品を考えることが比較的多いです。
一次創作面白いですよね。最近ハマっているのは好きな音楽を自分のキャラのキャラソンとして考えたりしています。もちろんそれを誰かに言ったりはしませんが（笑）
音楽繋がりで言えば、ストーリーが明確に提示されていない曲を聴いて「これってどんな物語なのかな」と頭の中でこねくり回しているうちにストーリーを思いつくこともあります。
全てを取り入れてしまうと盗作になりかねないので上澄み程度ですが、こういったお話の考え方もあります。

二次創作がお好きなら、好きな版権作品の、キャラAとキャラB同士を別の世界で出会わせてみたらどんな萌え展開が起こりそうか考えてみる…などはどうでしょう。

直接一次創作作品が出来上がらなくても、一次創作脳のトレーニングにはなると思います。

その際に、
・キャラの年齢を変えてみる
・環境を変えてみる（学校もの→オフィスものに。ファンタジーを→現代ものに。など）
・キャラのビジュアルを変えてみる（ここは変えた方がいいですね。版権キャラそのものだとトラブるかも）

などなどしてみて、

簡単なキャラ紹介１枚と、２人の萌えリアクションを１枚らくがきしたら、それで十分創作BLできてると思います。
（キャラ紹介は必須です。読者さんはキャラについて０知識からスタートなので）

私この２人のここが萌えるんですよね～、というのを作品で萌え語りするようなものでしょうか。
だから、自カプにハマれていて、どこが萌えポイントなのか伝えるのが上手いと伸びやすいみたいです。