「商品名 漫画」とかでググってみて下さい。
基本的に商品名は創作の中で使うことは商標権に抵触する可能性もあり避けられる傾向があります。
漫画の中で伏せ字だったり文字った名前であることが多いのはそういった理由です。
それは同人誌であっても薬であっても同様です。

例えば、特定メーカーの避妊薬を使ったが効果がなかったというストーリーの同人誌を作って
薬剤メーカーがそれを問題視する可能性だってゼロではありません。
その際に、作者として責任が取れるのであれば商品名を堂々と使えばいいと思います。

薬に関して言えば、商品名ではなく一般名（成分名）で記載する方法があります。
例）
「ガスター」「ガモファー」→「ファモチジン」
「ロキソニン」→「ロキソプロフェン」
「アスピリン」→「アセチルサリチル酸」
「ノルレボ」→「レボノルゲストレル」
https://www.min-iren.gr.jp/?p=7547
https://pha.medicalonline.jp/

薬の中には一般名よりも、長く親しまれてきた商品名の方が分かりやすく通じやすいものも少なくありません。
その場合は「風邪薬」「避妊薬」「胃腸薬」といった「◯◯薬」で濁すか、「アス◯リン」といった伏せ字にすれば良いかと思います。