自カプがまさにそれです。
でもその大幅な改変パロが人気があるというわけではなく、そういうパロを書きたがる字書きが多く、内輪ノリで盛り上がっているといった感じですね。
やはり評価が高くつくのは原作設定か、公式スピンオフとしても存在する学パロくらいです。

私は絵描きですが、漫画より小説のほうがパロの自由度が高いのは単にその世界観を作画するのが難しいからだと思いますよ。
文章では戦争中の軍隊パロも超豪華な石油王パロも書く労力は変わらないですが、漫画だと作画がとても大変で技術のいることですから…。

自界隈すべてを知るわけではないですが、たしかにソレ？ってパロ多いですね〜現代モノなのに大正ロマン…時代パラレルとかもあります
漫画だとかで原作のif…みたいのが出すぎるから小説はある意味オリジナル色が強くなるのかな…？勝手な想像ですが
でもあまりこうしたらウケるかな？というのに注力しすぎると小説でも漫画でもモチベ落ちる気がするので是非自分の表現したい世界観で書かれるのがいいんではないのかなぁ、と思います

独自設定が極端に多いパロは説明で字数嵩ませたい字書きがやってるイメージ

他の方も書いている通り、「漫画より小説の方が特殊パロを書くのに時間がかからなくて楽だから」ってだけだと思います（自分は字書きです）。字書きで筆が早い人なら1日で一万字くらい書けますし、それだと2〜3日で作品一個が書けるわけですから、漫画とは比べ物にならないくらい早いですよね。ちょっと書きたいからやってみよう、で作るハードルが漫画より低いのだと思います。
評価だけなら、自分が知る限りパロが原作沿いより伸びるという現象はありません。当たり前ながら原作沿いの方が人気です。もちろんジャンルにもよるかもしれませんが。