自分が書く長編はパラレルばかりなので参考にならないかもしれませんが…
最初に考えるのはシチュエーション的なテーマです。どんでん返しや伏線回収のある小説が好きなので、自分で書く際にも「こういう展開がこんな風にひっくり返ったら面白いだろうな」というところから考えます。非常にありきたりですが例としては、何度ループしても死んでしまう恋人を救いたい！→実は恋人も自分を助けるためにループしていた、恋人が記憶喪失になってしまった！記憶を取り戻そう！→実は記憶喪失なのは自分だった、などなど。
ある程度面白そうな話が練れそうなら、内面的なテーマを考えます。上記の例を使うと「お互い共に助かる方法が無いと悟ったとき、最終的に相手のいない世界で生きていくのはどちらのキャラか、何故その決断に至るか」「恋人は自分を深く愛しすぎていて、記憶を失ったままの自分をそのまま飼い殺しにしようとしていた、それを受け入れるか否か」などなど。
その二つが決まってから詳しいプロットを作り始めます。ややこしいところも根性でなんとか形にします。

広域的な意味であれば複数のエピソードを繋げるというのも間違ってはいないのですが、6万字を費やす必要のある一つのストーリーを決めておかないと繋げるのも難しくなります。

興味深いトピックの提起、ありがとうございます。
実は私も同じ問題に悩んでいて、みなさんの回答は大変参考になりました。私が言うのも変ですが、教えてくださりありがとうございます。
いい機会なので私なりの回答も考えてみました。

Ｑ：どのように物語を作っているか
Ａ：現実の社会問題やニュースからヒントを得ることが多い気がします。つまりシチュエーション的なテーマです。
例えばとある部族間紛争で、一見宗教対立と思われがちだが実は外国資本がその地域の地下資源を得るために敢えて紛争をあおっている。
この構図を人間関係に展開。（展開例）Ａが自己肯定感を得るために、ＢとＣをそそのかし敢えて仲違いさせるていると設定。その後は登場人物の性格で話を転がしていきます。ＢＣはケンカ別れしたままＡも独りぼっちになるバッドエンド、もしくはＢＣが操られているのに気付いてＡに制裁をくだすハッピーエンドなど。

ここまで書いて気付いたのですが、トピ主さんは「テーマに沿ったエピソードが思いつかない」とありますね。的外れでした、すみません。
それでは例に挙げておられる「過去を乗り越える」がテーマだとすると、まずは登場人物や舞台を設定するのが最初の一歩かと思います。
（例）天涯孤独の傭兵Ａは人間不信気味、それを心配する仲間Ｂ。
そこでＢはＡを絶対に裏切らないというエピソードを何シーンか挿入。
雇い主の理不尽な要求からＡを庇うＢ、自分が囮になってＡを逃がすＢ、など。
こうしてＡはＢという唯一信頼できる人間を得る、とか。

上の方が書いてらっしゃいますが、シチュエーションと書きたいテーマと登場人物のキャラが決まれば、きっとエピソードも浮かんでくると思います。
「一緒に買い物に行く」というテーマでも、いかに誘うかから始まり、街の喧騒や煌びやかな商品、二人の会話や心情の動きだけで六万字書けるかもしれません。

気負わず楽しんでがんばってください！

普段どの程度の字数の小説をお書きでしょうか？それによって、物語の組み立て方も変わってくると思います。
１万字書く方なら、章立てで６話は必要になってくる。５千字なら１２話は必要になってきますね。
個人個人で得意な文章量は違うので、普段どれくらいの長さの小説を書いてるかは重要です。１エピソードを無理やり長くしても冗長な小説になるだけなので。調節は話数でした方がよいです。

私の場合、長編を書く書かないにかかわらず普段から細かいネタを思いついたときにメモしておきます。それから、大本のネタが思い浮かんだ時に、その物語を表現するプロセスとして何エピソード必要か考えて、細かいネタから使えるものをピックアップしたり、新しく練ったりします。
ただ、私自身６万文字以上の小説を書いたことはあるのですが、普段「何万文字書こう」と思って書いてるわけではないです。書きたいことを書いていたら結果として６万文字の小説が書けた、というだけなので、最初から６万字以上というハードルを設けるとクリアが難しいんじゃないですかね。
ネタをじっくり練りながら、まずは１万書けるなら３万、３万書けたら４万を目指して書く練習をする。というのがいいと思います。

多分、求めている回答とは違うかもしれないのですが、長い話を書く時には骨組みを用意します。

まず、「推しが○○して◇◇になる話」みたいな簡単な一文を考えます。何でもいいです。

次に◇◇になるには段階を踏ませたいので、ざっくりと段階を設けます。それが転１と転２になります。

それから推しが○○な状況を説明したいので起を用意します。

あと推しが◇◇になるのっていいよねって訴えたいので承でアピールします。

結は◇◇になった状態です。

これで起・承・転１・転２・結ができました。

それぞれを３～５段階に分けて細分化します。
起（１推しの説明・２推しの現状・３事件）
なろうでの異世界転生してパーティ追放とか断罪とか経て、よっしゃがんばるぞって部分です。

承～転２の中盤まで、これを繰り返します。
転２の中盤で物語のメインテーマに決着をつけて、推しを◇◇な状態にします。

結でタイトル回収とか、後日談とか、なんか終わるわって感じに、そこまで長くならないように纏めます。

簡単な骨組みが出来たので、肉付けに「こんな推しを描きたい」と妄想していきます。ここが浮かばないのかなって思うのですが、
そういう時のための登場人物プロフィールなんだろうなって思います。
あと推しの心理変化チャートとかかもしれません。
舞台設定のメモ書きとか、推しの部屋の間取りとか、物語の季節とか。そこら辺をほんの少しだけ考えてみるだけでも、お話が浮かぶきっかけになったりします。

設定考えるの大好き！って人は脳内メモを形に残しておくと、とっても役に立ちます。書きなぐって忘れた設定が困ったときの突破口になったりします。

脇役も心理変化があると、推しへの接し方が変わってきたりして、文字数を稼げます（物語に奥行きがでてきます）。
キャラ以外にも変化があると、推しに影響を及ぼすので、文字数を稼げます（物語に説得力が出ます）。

最終地点である「推しが◇◇になる。素敵！」さえ見失わなければ、いいんです。ちょっと断線したら戻ればいいんです。
脱線も楽しいですよ、楽しんで書くのが一番じゃないかなって思うんです。

トピ主です。
皆様のコメントを拝読し、「長いのが書けない」という悩みがより具体的になりました。
私の実際の問題は「○○(問題のある状態)な推しがなんやかんやして◇◇(ポジティブな心境・状態)になる」というテーマを書きたいとして、結論に至るのに十分な説得力を持つ「なんやかんや」の積み重ねをしきれないことであるように思います。
また同時に、テーマの解決に必要な紙幅をこなしつつも物語としての面白さも捨てたくないものだと思いました。ここにおいて、結末が気になるような明確な事件や問題提起を作中で行いたいなと思います。

自分の得手不得手を鑑みるに一筋縄では行きそうにありませんので、引き続き、皆様が長編物語を組み立てるプロセスをお教えいただけましたら幸いです。

長編を書く場合は一日でネタ出しを終わらせようとしない方がいいです
短編は勢いのまま書き上げた方がいいと思うのですが、長編はいかに腰を据えて取り組むかが肝かと
私の場合は頭に浮かんだ小ネタをネタ帳に書き取り、そこから一〜二カ月かけて他の作品書きながらちょこちょこ育てていく感じです。

長編の場合はサブストーリーをいかにメインストーリーに絡ませられるかを考えれば六万文字程度なら割とすぐだと思います
たとえば殺人事件の犯人探しをするABを書きつつ、彼らが恋仲になっていく過程も描写する、とか
そのなかで、実はAには誰にも言えないトラウマがあって、Bとの関わりを通して立ち直っていく…みたいなシナリオつっこんでみるとか
さらにABの捜査の妨害を企てる敵組織目線なんかも加えればあっという間に文庫１冊分です

…とまあ、いうのは簡単ですが実際やるとなると大変だと思います
トピ主さんがMAXで何文字かけるのか分からないのでなんとも言えませんが、現状五千字しか書けない人が急に六万目指すのは無茶なので、まずは一万、次は二万みたいに少しずつ引き上げた方がいいと思います
急にシナリオボリューム大きくすると十中八九エタるので

コメ主さんの
＞結論に至るのに十分な説得力を持つ「なんやかんや」の積み重ねをしきれていない
の部分ですが、事件や問題提起をもしかしたら重く考えすぎていらっしゃるのではないかな？と感じました。

もちろんどんな話を書きたいかによると思いますが、大どんでん返しや、読者がびっくりするような仕掛け、重厚なストーリー展開でなくともかまわないと思います。
もちろんそういったお話の方が、説明が必要なので字数は長くなりますが……

ありがちですが、たとえば「攻めが受けに告白したけど、恋愛としての好意だと気付いてもらえなかった」というのも立派な事件です。

そこから、どうやったら恋愛としての好意だと気付いてもらえるのか？と攻めが考える過程に作者のキャラクターへの解釈や考え方が、オリジナリティとして表れると思います。

①誰かに相談するのか
②一人でどうにか解決しようと悩むのか
③無理矢理キスしちゃうのか
④プレゼントをあげるのか……

①～④のエピソードを各7000字で書いたとしても3万字弱になります。

また、受けがなぜ気づかないのか（幼なじみだから？　愛情の乏しい環境で育ったから？　等）なども描写する必要が出てきますよね。

さらに、ラストで両思いに至るまで、エピソード間で何度か攻めが告白（事件）を繰り返すことで、受けの気持ちや態度にも変化が出てくるはずです。
※ただし、告白であれば三回位までが限度かなと思います。あまりしつこいとダレるため。

そこを描写すれば更に文字数は増えます。

論点違いでしたら申し訳ありませんが、もし何かのヒントになりましたら嬉しいです。

自作で６万字前後の作品を確認してみました。
登場人物は複数人、テーマは一つだけどそこにあれこれ起きてキャラ達の行動が絡む（伏線複数）、主人公視点で進みつつラストで問題が解決、答え合わせのようにもう片方の視点あり…でした。
おそらく王道展開ですが、二次創作ならキャラが出来るだけ絡むようなテーマにするだとか、せっかく６万字を使うなら没入感を意識できるように登場人物の人物像を明確にするのがポイントかな？と思います。

私は勝手にキャラが動いていくタイプなのでとりあえず書ききってから判断していますが、トピ主さんが普段からプロットを組んでやるタイプでないのなら動くままにやってみるのも手です。
でもそれが上手くいかない、プロットがありきであればインプットが重要かと思われます。

例えば遊園地を舞台にするなら、どういうアトラクションがあるのか・年齢制限はどうか・年齢層は・人数は…など、それぞれの施設によって異なりますから、現実で参考にできそうな遊園地をリサーチする必要があります。
これって旅行の際に観光地について多少のリサーチをするのと似ています。知らないとその場所で動けないしやりたいことがみつからないものですから。

なので、もし内容を膨らませるコツがつかめないようなら、昔ご自分が行ったことがある場所をモデルにしてみたり、上記のようにスケジュールを立ててみるとやりやすいかもしれません。

あとは、面白い二次創作といった点では「こんな推しがみたい」が何より重要なのかと思います。
原作だと幸せになれなさそうな推しがおいしそうにアイスクリーム食べているのをみたいだとか、上記の例で言えばジェットコースターが怖くて虚勢を張っている様だとか（この辺適当です）。
そういったものがネタであり興味を引くポイントだと思うので、ご自身の興味関心を分析してみると納得いくものに仕上がるかと思います。

楽しんで創作してくださいませ！

トピ主です。皆様色々なアドバイスをいただき、ありがとうございます。

私自身の創作スタイルやトピ立ての動機について言及をいただくコメントがございましたので、蛇足かもしれませんがこの場で何点か補足します。

普段は「導入→(どうにかひねり出した)ワンエピソードによる登場人物の好転→結末」という流れで書いており、字数にしてエロなし15k〜25kとなることが多いです。
触れなば落ちんばかりの両片思いが両思いになる、くらいの展開であればワンエピソードで収まるのですが、重めのテーマとなるとワンエピソードでは物語の推進力が足りないなと感じているところです。
重めのテーマとしてイメージするのは、あくまで例ですが「過去を乗り越える」「トラウマを克服する」「誰しもに閉ざしていた心を開く」などです。

重めのテーマの解決を目指すとなると上記の通り何エピソードかを積み重ねて登場人物のドラスティックな変化に説得力をもたせる必要があり、すると字数も自然に多くなるかなと思った次第です。
しかしながら、トピ文の通りテーマに沿ったエピソードをいくつも考えるのに苦慮しています。またそもそも長編を書いた経験が無く、長い物語を破綻なくかつ魅力的にまとめきるイメージを持てずにおります。こういったことからトピックを立てさせていただきました。

皆様のアドバイスの中で、テーマとして設定した単語等を問題解決のプロセス(○○が◇◇になる、の文法)にあてはめたり、理由や動機を考えたり、エピソードから更に登場人物の行動を展開させたりする方法論を学ぶことができました。
またその他にも、たくさんの示唆を得ることができました。
ありがとうございます。