私はまだ買った・貰った同人誌は処分していませんが、そろそろ整理を考えています。
友人の同人誌であっても、知らないジャンルであれば当然処分対象にしようかと思っています。

おっしゃる通り、本の保管場所にも限界があるので…
友人たちと同人誌の処分については時々話します。
その中で、当然知り合い同士の本についても話題にあがります。
「誰々のいつ頃の同人誌だけど、泣く泣く処分した」とか「読んでない積んでた本も問答無用で捨てた」とか、そんな話です。
自分の本についても「◯◯の本だけど、あれも捨ててしまった。」「あー、そういやそんな本も出してたねー、懐かしい」なんて感じで話をします。

活動ジャンルが同じならいざ知らず、友人として新刊交換しただけなので本の内容に興味がないのは知っていますし、自分の本が捨てられたとしても「ま、だよな」としか思いませんでした。
自分と友人たちは学校・コミケを通して10年以上の付き合いがあるので、そういった赤裸々な話も出来ていますが、すべての人がそうとは思いません。
「自分の本が捨てられた」ということでショックを受ける人もいるでしょうし、今後も同じように捨てられるだけなら新刊交換する意味とは…なんて波及することも考えられるので、あまり積極的に知り合いの本の処分について話題にはしない方が良いかも知れません。