ブラシ系のペンで主線を描いても、特に問題ないかと思います。
ですが、その場合必ず「グレースケール原稿」として原稿を作成して、印刷所へ入稿するときもグレースケール入稿で入稿するように気をつけてください。
また、ブラシ系のペンでオフ原稿を描く場合、スクリーントーン素材などは利用せず、なるべくブラシ塗りで濃淡を描くように……(トーンとブラシを併用すると、いわゆる「モアレ」が発生する確率が上がります)

上の方と全く同じですね。
ブラシ系で描くならレイヤーをグレースケールにして書き出しする時も「グレースケール」にすること(ブラシのタッチを活かすため)、トーンレイヤーとグレースケールレイヤーの中の描画が重ならないようにすること(モアレの原因)が注意点かな、と思います。
ミリペンみたいなしっかりした線画とブラシ系の柔らかい線画、同人誌でよく見るのは前者な気がしますが正直好みによります。ブラシは使ってるツール名(クリスタとか)で検索して人気順をみるといいのがありますよ！厚塗り系のブラシを細くしたら、線画に使えるんじゃないかと思います。

淡い線も表現したいならグレスケ、パキッとした線で表現したいなら二値