ジャンルによるかもなので参考になるかわかりませんが、トピ主さんのような短い漫画をコンスタントに上げまくってる方が1〜2年くらいで5000フォロワーになってましたよ。
失礼ながら、正直絵は雑であまり上手くはないのですが、とにかく更新が早いです。毎日のように新作を上げています。

トピ主さんは描き始めて1年未満とのことですが、更新頻度はどうでしょうか？
ひとつひとつにいいねがつくなら、トピ主さんの漫画を面白いと思っている人は多いとおもうので、更新頻度を上げて「この人をフォローすれば定期的に面白い漫画が読める」と思ってもらえればフォローも増えるのかなと思いました。

もしすでに更新頻度が高いなら見当違いのアドバイスすみません。

トップページが悪いのかも(フォローされる率に影響)
　ヘッダーはヘッダー用にフルカラででも用意する方がいいかも、色を付けないにしてもメインカラーをつけた方がいい。
　アイコンは、自分の絵、分かりやすく、メインの色を決める
　本文は、何者か漫画絵描きでもなんでも、何を発信するか、今後何を描いていく予定かなんかが書いてあるといい。
　固定ツイは過去の物過ぎないか？大手でもない限り、月1程度で変えると良い。

ツイートに問題があるかも(フォロー外される率に影響)
　rt大量は困るというか自分のホームが埋まるんで邪魔…。
　空リプは多くなければそこまで気にしない。
　投稿した作品は別時間に自分でリツイートするのが良いかも(案外別時間rtした方がフォロワー増える可能性が高い)
　ネガティブな事言ってない？
　悪口言ってない？
　まさか政治発言とかしてないよね？

後は同じジャンルの絵描きさんと繋がっていると、おすすめ表示されやすいとかかな

漫画に関してで言うなら、ポイントをちゃんと押さえているか。
漫画をざっと並べて自分の作品と分かるポイントがあると良いですね。良く勘違いされがちなのが、明確な一つのポイントで全く知らない人に漫画見せたら7割の人が、ここが特徴的な漫画だねって言えるポイントですね。

まあ、自分もそんなに一気に増えるような事はしていないので気長にやってますが、一年以内方は結構応援とかで増えやすい所もあるので、そう言う方が減ってきて前より増えなくなった感がある可能性もありますね。