アカウントを複数持ってて返信が遅れがちなタイプの立場から回答します。

・アカウント切り替え
複数アカウントがあると「アカウント切り替え」があるんですが、
これをするまで通知に気が付かないことが多いってのはよくあります。
今はメインで使ってるアカウントがジャンル垢なんじゃないでしょうか。

・返信しやすいかどうか
これは複数アカウント関係ないですが、返信しづらい内容だったり返信文面がパッと思い浮かばないと
「後で良いか」「明日で良いか」ってなります。
特にSNSは移動時間や寝る前に見ることも多いので。
返信を考えてる間に別垢に切り替えたら、それっきりしばらく忘れてた、なんてことも多いです。

・親密度と誤解の余地
これはSNSに限った話ではないですが、親しい仲であれば誤解の入る余地というのは少なくなります。
であれば、気兼ねなく物言いが出来るし、言葉を選ぶ必要もありません。
よく「冗談が言い合える仲」と言いますが、それは「誤解が入る余地がないからこそ悪口みたいな言葉でも冗談になる」わけです。
しかし、交流があまりない人への返信は「言葉選び」や「誤解のないように」と気を使うことが非常に多いです。
AさんとBさんはLINEでも繋がっているくらい親しいのであれば、この誤解の余地がないからこそすぐに返信できたのでしょう。
対して、トピ主さんは解釈や交流の頻度から、文面を考えるのに時間や労力を要したのでしょう。
この問題は上記の「返信のしやすさ」にも直結します。

・ミュートについて
ミュートしていてもフォローしているならば通知欄に表示されます。
（フォロー関係にないユーザーをミュートしてるなら通知欄にも表示されない）
返信がある時点でミュートまではしてないとは思います。
定期的に「@自分のID」みたいな感じでエゴサしてるなら「取りこぼし」に気づいて遅れて返事をすることもあるでしょうが、ミュートしているユーザーがいるからと毎日定期的にそういった検索でチェックしてる人は稀です。

>>本垢で絡みたくないならミュートする前に本垢でフォロバしなきゃいい
フォロバする前にどんな人かTLを遡って、嫌な人ならそもそもフォロー返さないでしょう。
フォロバしてしばらく経ってからミュートすることなんてザラにあると思います。
自分の地雷についてツイート頻度が高いとか、日常的な愚痴が見てて嫌になったとか。
これについては「フォロバしたらミュートしたくなった」のであって順番が逆です。
ちょっと認識を改めたほうが良いと感じました。

返信の早さや順番は気になるでしょうが、返信する側にも都合というものがあったりします。
またリプを「会話」とみなしてリアルタイム性を重視する人もいれば、
「メール」のようなものだとして返信を後回しにしても良いと考える人もいます。
またSNS自体、日々の生活の中でどれだけ開くかも人それぞれです。
蛇足が付きましたが、私みたいな人もいるということを知っておいて貰いたいな、と思いコメントしました。