ジャンルでABのほうが明らかに絆の繋がりが大きいのにCBのほうが流行っています。

・Cが作中で亡くなる
・明るいCを好む層も活発でいい意味で声が大きい
（陰気なAを好きな層は比較的おとなしい気質のオタクさんが多いイメージがある）
・ライトなオタクがヒーロー気質でスパダリ属性のCを好きになりやすいので読み手の母体が非常に大きい

このあたりがある気がします。例えがアレですが合コンとかで誰にでも屈託なく優しい男がCで全く気遣いができず女性を遠ざける男（根気よく付き合えば心を開いてくれる）がAみたいな感じです。

公式が推したい組み合わせと、人気のキャラクターの組み合わせが違うというケースがあります。
そうなると、「公式はこっちを推してるから」というカプが増え、人気のキャラクターの組み合わせをカプとして見ないようです。

キャラ設定がおいしいかどうかに分類されるかもしれませんが、描きやすいキャラかどうかかな。造形の話ではなくて、掘り下げられる！と思える割合が大きいほど裾野は広がると思います。妄想を広げやすいかどうかと言ってもいいかも。

乗り越える障害が大きければ大きいほどオタク側も燃え上がる感じがします
味方同士より敵と味方とか、最初から仲の良い2人より喧嘩の絶えない2人とか

公式で燃料が沢山あるということはその分妄想する余地が減るというか、何を考えても、いやもうそれ原作見てればいいしな、みたいな気になって二次はあまり流行らないということはある気がします。
全部公式がお出ししてくるので満足しちゃうんですよね。

幼馴染カプって関係は長いけど大手カプにはなりづらい印象。ここで前に、小さい頃から一緒にいたのに現在までくっついてないのが答えみたいなこと言われててなるほどと思った。
自ジャンルも大人になってから出会った犬猿の仲の相手が最大手カプで、それぞれ幼馴染はいるけどそっちのカプは二番手三番手という感じ。

公式で情報が出された順番も重要だと思います。
関係の深いキャラであっても登場や関係性の判明が後からだとカプ人気が出づらい印象です。
一方でその場限りの邂逅であったとしても、作中で一番最初に印象的な出会いをしたペアはカプ人気が盛り上がる傾向にあるんじゃないかと。