自分の感情が主体かキャラの感情が主体かの違いじゃないでしょうか
自己投影→自分の感情や体験をキャラに投影して書(描)く(キャラ側を自分に寄せてく行為)
感情移入→キャラの気持ちになりきって書(描)く(キャラの感情に自分を寄せてく行為)

自己投影って悪い意味でつかわれるイメージですが、それは作者自身の感情や体験が作品通して透けて見えるからだと思います。そのキャラがあんまりしなさそうで作者自身がしそうな行動させてるなーとか。これって正直自分では判断できなくて見る側が判断する部分だと思います。ぶっちゃけ自己投影させてても変にそれが透けて見えなければ別にどちらでもいいのではと思います。

自己投影そのものが悪いというわけではなく、描写から作者が透けて見えてしまうもの（読者の思い込みも含む）が自己投影として叩かれている印象です。
単純に自分の気に食わない解釈に対してこれを言う人もいるので、多少意識するのはいいとしてあまり気にしすぎることもないと思います。

例えば「孤独」を題材にしたとき、原作でもあったような描写を元に、そのキャラの思考や感情を書くのは感情移入だと思います
一方作者が考える「孤独」の捉え方により、キャラの行動が変わり、その結果作者自身のコンプレックスが解消されるなら自己投影になるのかなぁと……
でも、う～ん……難しいですね

気に食わない存在には自己投影、そうじゃなければ感情移入ってだけのシンプルな話だと思いますよ

つまり意味としては感情移入も自己投影も全く同じだけど、自己投影が特に近年では悪い意味で捉えられてるのは事実で、自分にとって気に食わない存在にはその言葉を使ってるだけ

感情移入はあくまでも他人の感情への共感、相乗りだけど自己投影はそのキャラ＝自分として気持ちや感情を受け取ってるものじゃないかな

書き手が普段してる身近な人（彼氏や家族）へのお気持ちツイート、過去語りなんかを　
キャラに言わせてたりすると自己投影っぽいなと感じる

キャラに合う言動させてるなら感情移入じゃないかな
まぁ解釈って人それぞれだし何がキャラらしさなのか曖昧だから難しいね…