ジャンルのガイドラインでは大丈夫でもその印刷所が受け付けてないんだったら制作はできないよ。印刷所側から断られるかもしれないし……。
私がよくお世話になってるところでもこのジャンルの作品の制作はお断りしてます、ってガイドラインがあるからそれに則ってやってる。１回印刷所に問い合わせてみるか、依頼者の方に印刷所の変更をお願いするといいと思う。

著作権の侵害というのは公式の画像そのまま使った海賊版は印刷できませんよ、という文言の可能性も高いです。
どの印刷所でもそういう意味で書かれていて、自分で描いた二次創作はOKということはあります。
でも二次創作自体を受け付けていない印刷所ももちろんあるので、依頼者に言うべきだと思います。
もし描き終えて駄目だった場合、テンプレートや解像度などが違ったりして他の印刷所に回せない場合もありますから、描いたものが無駄になる可能性がありますよ。
先に依頼者に確認しましょう。

おたク○ブみたいな見るからに同人ウェルカムな感じのとこに発注した方が安全な気がする……
依頼者に言うだけ言ってみたら？同人慣れしてないだけで悪気はないのかもしれないし

コメントありがとうございます。まとめてになりすみません。

こちらは絵だけ依頼された側なので口出しすべきではないかまよったのですが、使えなくて描き直しになるとつらいので一応確認してみようと思います。
ありがとうございます。