「ゲームの二次創作にオリキャラとして出す」ならわかりますが、「オリジナルの持ち込み作品の登場人物として出す」は、うーん…言われるとモヤモヤするかなとは思います。
わかんなきゃわかんないのかもしれませんが…私だったらしないですね、と申し上げておきます。

そのゲームのオリジナルキャラクターの顔（絵柄）がよほど特徴的、そのゲームでしか見られない造形とかじゃなかったら良いんじゃないかと思う…。上手く自分の絵に落とし込めてる、って自信があるなら尚更。

あなたが悪いことだと思ってるなら、後々しんどくなりそう。誰にも指摘されなくても、パクっちゃった…とか思い続けるんじゃないかな？大丈夫？
後ろめたいメンタルで行くの危ないと思うから、愛着があっても「これは私のオリジナル」と言えるまで練り直す方に一票。

例えばその作品が漫画賞を取ったら、出版社にも迷惑をかけるよ。

参考資料として使うのか、ほぼトレスのような状態の模写になってしまうのかで変わるかな
トピ主の「ほぼゲームのオリジナルキャラクターの顔と同じ顔になっています。」が後者になってるなら、オリジナルとして銘打って発表するのは避けたほうがいい
なるべく前者のような、参考資料として使うに留めて、絵柄も自分の絵柄に落とし込む方法に変えたほうがいいとは思うよ