プロフィールは見る方が少ないと思うので、新作のキャプションの方が良いと思います。

新作のキャプションに入れといたほうが見れますね。あと、pixivのフォロワーが多ければ「ご報告」タグで小説形態で削除する旨投稿してもいいかもしれません。

3カ月くらいあれば十分だと思いますが、もし余裕があれば6カ月くらいだとより親切かもしれません。
pixivへのログインが減っていて、すぐに気付かない方もいそうなので。（私ですが）

それと非公開にしたあと、プロフィール欄に「しばらく活動休止するため非公開中です」みたいな説明を残してもらえるとありがたいです。

読者目線だと、告知はぜひしてほしいです。状況がわからないと、何があったのかと心配してしまいます。