オチの部分が特殊設定だと悩みますよね……
なにも書かずに、最後になるほどと思ってもらいたい気持ちもありますし。
でもそのオチの設定で嫌な気分になる人が出てきそうならば、最初にその旨を書いておきたいという気持ちにもなります。
私個人としては、そこで悩むのが嫌なので、そもそもオチを特殊設定ではないものにしてしまうことが多いです。

あまり良いアイデアは思い付かないのですが、
反転文字(背景色と同じ色でかかれた文字)で注意書をするという案を見たことがあります。
Web限定でのみ使える方法ですが、特殊設定です、と曖昧な警告をして、その特殊設定の詳細は反転文字などで表記するのはいかがでしょうか？