自分は回数よりも展開の方が気になりました

トピの例だと、読者が親友の過酷な状況に感情移入している横で主人公（他人）に泣かれるとちょっと冷める
でも主人公が「もっと自分にできたことはあったんじゃないか」と苦悩した末に泣いてるのは他人ではなく本人なので冷めないしむしろそっちに感情移入する

泣くことをシーンのハイライトに何度も使ってるとパターン化してしまって感動ものとしてのよさは薄れると思う
泣くことが他の動作と同じくらいの軽い文章であれば何度泣いても「作者の好みなんだな」で流せる（かも）

あと、これまで何度も悲し泣きの表現があった中で最後に嬉し泣きのシーンが入ると対比表現として気持ちいいので好きです
回数としてはカウントしない

泣くシーンは1~2回ぐらいが理想かな。でも40万字ならそれぐらいあってもいい気がする、しらけるのは泣かせ方のバリエーションだったり描写の仕方にもよると思うよ。
例にあげられたやつで泣くシーンを減らすとしたら↓に書いた感じにするといいかも。ただあくまで私の書き方だから、色々ズレてたらごめん。参考程度に。

・このまま親友が目を覚まさないんじゃないかと主人公が心配する→　不安で押し潰されそうになりながらも寝ずに必死に回復を祈り続ける。今親友は頑張ってるんだ自分が悲観していたらダメだと涙を堪える。

・親友が「死ぬかもしれない」と弱音を吐く→　目を覚ました喜びで場面を盛り上げた後に重病を知らせることで落差を見せて、悲しみより呆然とさせる。主人公に死ぬかもと告げる時も、声や手が震えている目を合わせてくれないなどで、親友が受け入れられていないこと怖がっていることを見せる。それに対して主人公が何も言えなくても言葉をかけても「ごめん、今は1人になりたい」と緩やかに拒否することで、塞ぎ込んでるショックを受けている、もしくは泣いてるところを見られたくないなど想像できるシーンにする。

・治療がつらい親友→　治療の辛さに、こんなに辛い思いをしても死ぬかもしれないという不安と悔しさと怖さをプラス。回復を願ってくれている周りの人のためにも頑張らなきゃいけないのに本当は辛くてしんどい弱音を吐きたいと親友が思うことで、より孤独感を見せる。ここは泣いてもいい気がする、ただ派手に泣くんじゃなくて、隠れて静かにとか、バレないように少しだけ泣いてすぐに目元を拭うとか。

・親友の病気の完治はクライマックスなので思う存分泣いていいと思う。