自分もポンポンとネタだけは思いつきますが実際に書ききれないことが多いので、以下のようにはしてます。

■片っ端からアウトプットしていく
思いついたものはとりあえずでもメモ。
設定とかキャラとか相関とか展開とかシーンとか、なんでも。

思いつきだけで煮詰めてないと後で「なんでこれ面白いと思ったんだ？」ってなるだけだったりもするから、どんどんアウトプットして煮詰めていく。
何よりネタそのものも忘れてしまう。
思いついたアイディアやネタは書き留める習慣があると良い。

思いつくのはたいていストーリーの枝葉など細かいものなので、大筋の幹となるストーリーもある程度一緒に考えるようにする。
年表のように大筋の流れと、どのあたりで思いついたネタや出来事が起こるのかをまとめてみる。

長編を描く前提だと手に負えないことが多いので、大きなストーリーの一幕を切り取った短編的な感じを意識。
後でいくらでも続編、前日譚を書き足すことはできる。

ある程度煮詰まったら実際に書いていく。
他の物語やシリーズと並行になっても良い。

とにかくストーリーとして書き起こしていく。
キャラの名前が決まってなかったら仮名でもなんでも良いからとにかく付ける。
後で名前の変更も出来たりする。
　
　
■多元世界観にする
パラレルよりも多元世界としているのは、魔法の有無や物理法則に至るまで根本から違う世界でも描きやすいことですかね。
似たような感じならそこまで厳密じゃなくても良いです。
商業作品だとツバサ・クロニクルとかRe:CREATORSとかキノの旅とかFGOとかSAOとかMTGとかD&Dとか。
※キノの旅は国によって歴史・法律・時代・技術が大きくことなる。
※SAOはそれぞれ異なるゲーム世界に没入する。
色んな世界が同時に存在し、それらが交わる部分も描けるのが多元世界の良いところです。
そういった多元世界を旅する人物を中心に描くと、いろんな世界観を１つのストーリーで描ききることが出来ます。

それぞれの世界観の長編的なストーリーというよりも短編的なストーリーを連続して描くことで結果として１つの長編ストーリーにすることが出来るって感じです。
　
　
■スターシステムにする
キャラを役者に見立てて色んな世界を描く感じです。
商業作品だと千年女優、トムとジェリー、舞HiME/舞乙HiME、スタジオパルプ(久米田康治)とか。
前述のツバサ・クロニクルとCLAMP作品全般、キノの旅/学園キノとかも。
※トムジェリは明らかに時代が異なる西部劇や宇宙でもバトルを繰り広げる。

多元世界と同じで、自キャラに愛着がある場合にササッとコソッと登場させると楽しかったりします。
かなり昔の漫画、それこそ手塚治虫をはじめとした藤子不二雄、石ノ森章太郎、赤塚不二夫の漫画にもよく見られる手法です。

また昔のアニメにも色んな作品のキャラがコラボで登場していたりというのも当時は珍しくありませんでした。
巨人の星の最終回、観客席でバカボンが試合を応援してたりします。
ちょうど巨人の星の後番組がバカボンだったので「交代」という感じのコラボでした。

役者として描くのではなく、世界観が異なっても同じキャラを出していくって感じですかね。
　
　
スターシステムで書いたことはまだないですけど、とにかく書き出すことと多元世界描写はしてます。
同一世界だけど切り口やテイストが全く異なる書き方とかも面白いです。
有名なのだと松本零士ワールドとかですかね。
バラバラの物語として書くだけでなく、作品間のコラボとかも自分で遊べたりもするのでお得感はあったりします。