優先順位は本当に人によると思います…
イベント申し込んでから退路を断つ人、原稿を描いてて終わりの目処が見えたら丁度良いイベントに申し込む人、むしろイベントに出ないで通販のみで原稿やる人もいます。
トピ主さんが原稿に取り掛かるための原動力スイッチがどこかによると思いますよ。
ちなみに私は、地方の人間ということもあり関東などの大きいイベントに遠征で出たくて、先に申し込んでから原稿やるスイッチ入れます。イベントに行きたい！が原動力なので。
なのでイベントに出る予定ないと、締め切りもないので本つくるスイッチ入らないです…

上の方のコメントと近い主旨で人それぞれですが、原稿の目処が立ってからイベントに申し込む人もいますよ。
自分も、長編で時間がかかるものはそうするときもあります。
コミケやオンリーなど、トピ主さんのおっしゃる「どのイベントに出るかのほうが重要」のときもあります。
イベントに申し込んでから原稿を始める人は、ある程度自分のペースが体感で分かっていることも多いかもしれません。
あとは、二次創作だと他の人とネタが被ってしまう不安が多少あるので、完成したらなるべく早く世に出したい(制作からイベント発行までの間を空けたくない)という事情がある場合も。

初めてサークル参加される場合は本作りのペースが掴めなかったり既刊が全く無い(新刊を落としたら机に何も乗せられない)状態になると思うので、ある程度下準備をしてから申し込みでも良いと思いますが、どうするかはほんとにトピ主さんの自由ですね。がんばってください！

お二人ともありがとうございます。締め切りがあるほうが頑張れるたちなのですが、おっしゃられているとおりどのくらい時間が掛かるかわからないので、ある程度作業してみて全体がみえてきたら申し込みしようと思います。ありがとうございました。