初同人誌発行おめでとうございます！
私も最初の同人誌の時は説明してくれてるサイトを読み漁って入念に原稿チェックして入稿したおかげで不備もなかったですが、慣れてきたころにうっかりセリフ抜け、タチキリまで絵が描けてない、をやらかしたことがあります…。そのまま印刷されても文句言えないのに、連絡くださった印刷所の方には感謝してもしたりないです。

私が説明サイトを回った時は、まず印刷所の説明は3回熟読しましょう。とあったのでその通りにしました。説明でわからないことや不安な部分はそのままにせず、事前に印刷所に確認したほうがいいです。
よく聞くミスとしては
・下書きを表示させたまま印刷（完成原稿に下書きが重なって酷い見た目になる。入稿前に完成原稿をチェック。意外と印刷所の方も気づかず製本してしまうようで、過去に2回別の人がこれで新刊落として刷り直しになったのを見ました（当然描き手の不備なので自腹））
・原稿サイズ間違い（何枚か開いて正しいサイズかチェック）
・ノンブルとファイルの数字があってない（ページ抜け、ノンブル打ち間違いの可能性。ノンブルとファイル名を照らし合わせてチェック）
・タチキリまで絵が描かれてない
・セリフや、一部レイヤーを非表示のまま書き出し（書き出す前にレイヤーチェック。書き出したあともチェック）
・R18であれば修正忘れ、修正の少なさで連絡が来ることも
・印刷所の名前間違い（大陽出版は太陽出版の誤植が少なくないそうです）
あたりでしょうか。
あとは、締め切りギリギリだと修正連絡に対応できないなら、数日早く入稿したほうがいいと思います。初めてのオフ本なら思いがけないトラブルで予想より遅れることも大いに考えられるので、締め切りは1週間くらい前倒しで考えておいたほうがいいと思います。
無事にいい本が仕上がりますように。

はじめての同人誌おめでとうございます～！

自分が初めて出したときに反省したのは
・ネームか下書きの段階で一度印刷してみればよかった（全体的にコマがぎゅうぎゅうで見づらいわ文字が大きいわであちゃ～となりました。画面と紙だとこんなに印象違うんだなと反省）
・ノドや左右のページのバランスを考えてなかった（本の内側ギリギリまで描いたせいで読みづらくなってしまった。あと一コマ目がキメゴマだったりすると右ページにもってきた方がいい感じになる）
・原稿書き出しの際にモノクロ2階調（トーン化）にしたら、原稿の作り方が悪かったせいで一部主線がトーンになってしまった（それからモノクロ2階調（閾値）にしたあとよくよく確認するようになりました）

あとは他の方と同じで、修正ありきで早めに入稿すると気持ちにも余裕が持てます。そして印刷所さんによっては細かい不備まで連絡下さるところもあるので、そういう印刷所にお願いするのもいいかもしれません。