人が少ないからこそ無視できかねる事や気を遣ってしまう気持ちわかります。どうしたって視界に入るものなんですよね…。似たような経験があるので共感してしまいました。
ただ、心から新参の方の作品を好き、良いなと思ってない限りは無理にいいねしたりしなくて良いかなと思いました。ツイッターで相互でないのであればなおさらです。「仕事が忙しくTLをあまり見れない」「多忙の為CP名で検索を最近できない状態」などふんわりツイートやプロフなどに書いておけば急にあなたからの反応が無くなっても角が立ちにくいかも、と思います。個人的に、あなたが幸運だったのはその方と作風や解釈が違ったことだと思います。あなたの書かれるようなイチャイチャ系やエロはその方には書けないものだと思うので、その作風が好きな人はあなたのファンになり、堅めの作風が好きな人はその方のファンになると思うためです。どうかご自身の作風に自信を持って創作を続けて欲しいなと思います。

解釈違いならば無視していいと思います。ただ、その結果相手の方が移動されてしまう可能性もあるので、トピ主さんがどうしたいかだと思います。
その人を自カプに掴んで離したくないという意志が強いなら、交流をした方が確実です。相手がトピ主さんの作品に対してどういう姿勢なのかは分かりませんが、もし友好的な様子なのであれば尚更です。
ですが、解釈違いと交流するのはキツいですし、トピ主さんが筆を折ってしまう理由にもなり得ます。ご自身のメンタルを重視するのであれば、その人のことは無視をして変わらずオンリーワンカプとしてやっていくのがいいと思います。
私はジャンルの発展やカプの発展はどうでもいいタイプの書き手なので、同じ状況だったら無視をします。個人的には正解のない問題だな、と感じました。

気持ちが辛くなる相手とは、無理に仲良くしないほうがいいです。「無視する」と思うと罪悪感があるようなら「ほどよい距離を保ってる」と考えてください。
それほど深入りしてない今のうちが、距離をとるには良いタイミングです。仲良くなってしまうと、角を立てずに離れるのは難しくなるので、ツイッター繋がってないのは、ラッキーだったと感じました。

少し事情は異なるのですが、私もマイナーカプのため、活動傾向の近い方と相互になり交流していました。今思うと、お互いの作品が好きと言うより、私は交流する仲間が欲しかったし、相手の方は固定の読者が欲しかったのだと思います。
私も相手の方が先にいいねをくれて、無視しては悪いと思い、お付き合いを始めてしまいました。しかし仲良くなるにつれて、相手の方がいろいろな地雷持ちだとわかってきました。もちろん解釈違いもあり、良好な関係を保つために、相手に合わせて多くのことを我慢することになり辛くなりました。
でも相手の方も同じだったのではないかと思います。私ははっきり言えない性格なので、我慢を続けた結果、創作するのも浮上するのも気力がなくなってしまいました。相手の方ははっきりした性格だったので、私に対して空リプで嫌味を言うことも出てきて、さすがに限界だったので、今は距離をとる努力をしています。
一度仲良くなってしまったので、やんわりと離れるには苦労します。トピ主さんの場合は、相手の方は解釈違いと感じてないのかもしれないですが、ご自分が辛いなら、無理に仲良くならないほうがいいと思います。

オンリーツーで解釈違い、お辛いですね…
相互フォローでもないのでしたら、同カプ者同士で交流を望んでいないのならスルーで良いのではないでしょうか。
解釈も作風も違うのなら、どちらの作品にもそれぞれ需要があると思います。

オンリーツーではないですが、わたしは現在書き手３～４人のマイナーカプにいてツイッターも繋がっています。
でも、解釈も違うし内輪ノリも苦手で、全員ミュートしてます…イイネも押してません。
ちょっと寂しいけど、空気読んで書きたいもの書けなくなるのが嫌なので。
周りからしてみれば輪を乱す奴だと思われてるかもしれませんが、下手にお付き合いしてお互い気を遣うのもしんどいと思いますしね。