描き方の種類により理由が変わってきますが、自分が思いつく理由は大きい枠だと3種類あります。

一つ目が線画で調整をしたいから。　線画の塗り漏れを気にして自分で塗ってる方実際殆ど意味が無さそうに見えて効果があります。もう一つ
線線画を無視して塗りで輪郭を作って後で線画を調整する方もいると思います。

二つ目が、濃度を調整している。ベタ塗りで何度も重ねてグラデーションを薄く作ってる可能性があり、髪の塗りなんかではかなり使えます。

三つ目が、好みの問題。フォトショを使ってる方は、選択範囲からベタ塗りをしない人が多いです、アクション処理で塗ってる人は特に線画サイズが外れたりしたら一から自分で塗ったりするので、そういう感じの癖ですね。厚塗りで選択範囲を利用して特定の場所を塗る方なんかも癖で一から塗ってる方を見かけます。というかバケツ嫌いなんですよね。　バケツ使うくらいならグラデーションで塗ってその上から色を馴染ませるので側から見たら、ちまちま塗ってるように見られます。
と、こんな感じの理由で使って無いです。
まあ、自分がバケツ嫌いってのが一番の理由かも知れない…。