経験はあります。私の好きなキャラを大事にしてくれなくて悲しい…といった理由で離れたことも過去にあります。
現在は考え方がトピ主さん寄りになったので、「主人公のストーリー」が重要なのだから他のキャラの登場回数などの差はあまり気になりません。ですが片手間にでもキャラそれぞれの見せ場をちゃんと作ってあげている作品を見ると、上手いな〜！と尊敬したり好感度が上がったりします。マイナス点にはなりませんがプラス点になることはあるということです。
そういうのを良くないと思っている層は、子供の授業参観や運動会に来ている親のような気持ちなのではないでしょうか。「良い悪い」ではなく、「好き嫌い」の問題なのだと思います。なのに自分の嫌いなものは悪いもの！という、トピ主さんとは違う価値観・考えの人がそう言っているだけなので、合わせたりする必要はないかと思います。