自分も字書きですが、もしそういう話を書く場合は言動で描写するかなと思いました。

傷付いたキャラがA、そして無意識のうちにその人を差別しているキャラがBだとしたら、何気ないBの言葉や行動(無意識だったり、良かれと思ってやっていること)に、そういうものが出てしまう…みたいな。
A視点だったら、そのシーンの後、Aの心理描写で「Bに酷いことを言われた」とショックを受けさせればいいですし、B視点なら「その言葉を聞いたAは何故か怒ってしまった(もしくは悲しんだ)。でも僕にはその理由がわからない」という描写をいれます。
そういう無意識の侮蔑・差別意識って本人は全く分からずやっていると思うので、些細な行動や言葉でその意識の表れを描写していって積み重ねていくしかないような気がします。
個人的にはそれって"人間の本性は悪である"というより、"人間は他人なので本当の意味では理解し合えないし、互いを癒すこともできない"って感じだと思いました。相手を傷つけようとして意図的にやってるなら悪だと思います。

参考になる作品ですが、トピ主さんが描きたいものとは違うかもしれませんが映画監督の是枝監督はとにかく人間を美しくも汚くも描写するのが上手く、勿論言葉ではなく視線や行動や仕草といったものでキャラクターを作り込むので、小説でも参考になるんじゃないかなと思いました。「誰も知らない」「歩いても歩いても」「万引き家族」「そして父になる」などが特に参考になる気がします。

とある作品の倫理観がちょっとなぁ…と思ったことが以前にあり、その作者の作品を他にも見たのですが「これは作品以前に作者の価値観が…」と感じました。
少々フェイクを交えますが、作中に出てくる正義の味方ポジションが人の命をかなり軽々しく扱う上、それを他の人物が持ち上げていかにも"それは全くもって正しい行為である"という雰囲気になっていたことが不気味だと後から気付きました。もし「それは駄目なことなんだよ」と指摘する人物がいれば、「作品全体や作者の倫理観がおかしい」のではなく「この人物がちょっとズレてる」で済んだのだと思います。

間接的に書きたいとのことでご要望とはズレると思うのですが、作者の倫理観を疑われたくないという点を重視するのなら、「倫理観を指摘する人物を出す」とか「周りは"明らかに倫理観がズレている要素"を称賛しない」とかかなと思います。
先述の作品は「人の命を粗末にしてもいい」という要素を作中の人物全員が同意していた故に不気味に感じました。これがいじめとか集団心理によるものとかであればまた違うのかなと思いますが、参考になりましたら嬉しいです。

他には中学生の人物が、過去に勉強漬けの日々を送っていた為に周囲と馴染めなかったという作品があります。塾に通っていたので、何でみんなこんなものが分からないんだ…と見下していたんです。
その為、本人はたまに無自覚に失言してしまいます。こちらの作品は、周りに「それは駄目なことなんだよ」と注意してくれる人物がいたり、後から本人が反省するので「この人物がちょっとズレてる」という印象です。
こちらは「過去に人付き合いがなかった」という設定があるので、こういった理由付けをするのはどうだろうか？と思ったので挙げさせて頂きました。

下記がポイントかな？と思います。

・心理描写がストーリーと関わるようにする
→「インテリキャラが夜の仕事をしてるキャラを見下していたが、交流する中で考えが変わっていく」というストーリーなら、「見下す」行為はストーリー上必要な描写のため、納得されやすいと思います。

・動作で表現する
→例で出されてる
「暴行された人物に甲斐甲斐しくケアをしたり、普段と変わらない距離や態度で接していたとしても「あーこの子って乱暴されたんだよなあ」と心のどこかで思っている 」であれば、本当に普段通り接しているのか？握手で一瞬躊躇う・目が泳ぐなど、変化はないのか？を考えると表現しやすくなるかも…？

・（R18を書くなら）行為と心理をリンクさせる
→これは私の趣味含むのですが、黒い心理と行為がリンクしてると物語が面白くなりますし、とにかくエロいので好きです。

商業BLでパッと思いついた作品を書きますが、もうご存知でしたら申し訳ありません。
『上海』（かわい有美子）…小説です。身分ものなので人によって態度が異なる様がしっかり描かれてます。でも黒い心理の参考にはならないかな…。
『泥中の蓮』（ためこう）…漫画です。心理描写も上手いですが、ストーリーが面白いです。

それと、拒否感がないなら純文学と言われるものを読んでみるといいかもしれません。お話が圧倒的に上手いですし、「深層心理の間接的な描写」として参考になるものばかりなはずです。

ふむふむ。そしたら、相手キャラクターの反応によってかなり話が変わってきますね。相手が、その侮蔑意識を見抜いて嫌悪感を感じたり、そこまで看破できなくともモヤと違和感を感じたりするなら、それだけで問題解決かと思います。侮蔑意識を見抜きながらそれでも構わないと身を委ねて共依存の関係とかもありますかね。

今回のお悩み的に問題になるのは、相手がそういうネガティブな反応を一切しない（心にも思わない）場合ですね……喜んだり有難がったり嬉しく思ったりするだけの相手を書きたい場合もあると思います。餌食にされているというか。関係性が薄すぎて気付かないとか。倫理的にちゃんとしてる仮面をかぶるのが上手すぎるとか。

トピ主さんがどういう関係性を書きたいのか分かると、コメントしやすいなと思ったのですが、このあたりどうでしょうか？

ご回答ありがとうございます！

確かに質問内容がふわっとしすぎましたね…。
ご指摘の通り私の創作は全員性悪・関係性希薄（何十年も一緒にいて信頼はしていてもプライベートなことは一切知らないし興味もない）がデフォで傷ついたりとかはあまりない状態です…。

いきなり過去作披露宴になってしまって申し訳ないのですが、例で言うと

友人から同性の恋人の存在をカミングアウトされた主人公。
主人公は「同性愛とかきっしょ」と思いつつも、世間の風潮的におかしいのは自分、それにお祝いムードの時に嫌悪感を出すのもしんどいしそもそも友人関係をやめる意思もないのにわざわざ無理と伝える意味もないという考えから「おー！おめでとう！びっくりしたわ」くらいの反応で済ませる。
しかし友人の恋人は過去に差別されまくった経験から主人公の内面を見抜き「本当は見下してるんだろう」ということを別の日に主人公と恋人それぞれに伝えますが「別に面と向かって否定してくるわけじゃないんだからどうでもよくない？」と言われて友人関係は続行されます。
別の日にそのカップルが主人公を自宅に誘いますが主人公は「同性カップルって変なプレイばっかしてるんだろうな、そんな家に行きたくない」という思いから、（男女カップルの友人からの誘いであれば普通に乗るタイプなのにも関わらず）「いやー、二人の愛の巣にお邪魔するのは悪いからやめとくよ！きまずいし！」などと男女カップルには言わないような言い回しをして頑なに断ります。

これは過去作なのでもう済んでいるのですが、
上記のように「お互いの腹の内を知っているがわざわざ波風を立てる必要性を感じない、けれど互いを見下し合っている」というシチュエーションを、（上記では指摘する人物が現れてる上に自身の感情に気付いているタイプですが…）、互いに言及しない状態で、心理描写でどのように読者にモヤモヤを募らせていけばいいのか、ということを悩んでいます…。面倒ですみません…。

トピ主さんの書いた小説、すごく読んでみたいなと思いました。ぜひ萎縮せず色々書いていってほしいです。

過去作の概要を読んだ限りですと、すでにトピ主さんは表現したいキャラ像を過不足なくきちんと読者には伝えられていると思います。
同性愛に対する偏見を描く際に、「同性同士なんてキモい」というふわっとした陳腐な描写にとどまらず、「きっと変なプレイをしているに違いない、そんな家に行きたくない」という生々しい差別心を的確に描写していて、良い意味で胸を抉られました。
さらに、そういった気持ちを表に出すことなく無難な言い訳ができるところも、「知識としての倫理や道徳は身につけている」ことがわかります。
トピ主さんのキャラ造形とその描写力には全く問題ないと思いました。

また、「キャラの倫理観=作者の倫理観と思われたくない」という悩みについて、以下にいくつか対策候補を書きます。

①一般的かつ善良な感覚のキャラクターも配置する
②オチをハッピーエンドにしない(ある程度の報いを受けさせる)
③差別・侮蔑心の滑稽な部分も描く

トピ主さんの過去作を例にしますと、主人公以外にも同性カップルの家に誘われた別の友人がいて、その人は一貫して「この前家に行ったけどすごく楽しかったよ！幸せそうでよかった」などと男女カップルに対するそれと変わらぬ態度でいる、が①です。
主人公がその話を聞いて何気なく「でも気持ち悪くなかった？」などと言ってしまってその人と不穏な空気になる……というような描写があればさらに「この人はわかって書いてるな」と思わせられると思います。

②の場合は、勧善懲悪的な因果応報とまではいかなくても、それなりの報いをキャラが受ければ大抵の人は溜飲を下げて納得してくれます。

最後に③の場合、主人公の「同性愛カップルなんだからきっと変なプレイをしているに違いない」という考えを例にしますが、これは人間の悪性もそうですが、他にも「無知」「怠惰」から来るものだと思います。
同性カップルが実際にどのような性行為をしているか知らない(無知)そしてそれを知ろうともせず自分の憶測だけで決めつける態度(怠惰)です。
「人間の悪性」と言うとなんだかちょっとニヒルでかっこいい感じもしますが、「お前が物を知らないだけ」「スマホでググることもできない怠け者」という言い方だとすごくかっこ悪い感じになりますよね。
そういう描写を多少含ませると、「この人は不道徳なものを賛美したいわけじゃない」とわかってもらいやすいんじゃないでしょうか。
具体的な描写の例としては、主人公が同性愛以外の些細なことでも知ったかぶりの決めつけをしてしまって恥をかく、などでしょうか。

長々と書いておいて、全然参考にならない内容だったらすみません。
トピ主さんの創作活動を陰ながら応援しております。

質問者様、そして回答者様のお話、とても興味深く読ませていただきました。私もお綺麗ごとではない容赦なく切れ味の鋭いお話が好きなので、質問者様の書かれるお話、ぜひ読んでみたいと思いました。

参考になるかなと思う作品、というか作家さんなのですが、BLを読むのに抵抗がなければ、木原音瀬さんの作品はいかがでしょうか。悪意のない酷薄さ、残酷さを表現するのが上手な作家さんです。
回答者様のアドバイスにも書かれていましたが、対になるような明るくて健やかな精神をもつ人物がでてきますので、そう言う対比も参考になると思います。
文芸ですと綿矢りささんも人を掘るのが上手な作家さんだと思います。絶妙に嫌な人間を浮き彫りにするので登場人物は好きになれないのですが、不思議と最後まで読んでしまうので、話の組み立て方も参考になるかと思います。
すでに読んでいる作家さんであればアドバイスにはなりませんが......素敵な作品が生まれることを、陰ながら応援しております。

私も木原先生とかすごく合うんじゃないかなと思いました。トピ主さんがBLがお好きかは分かりませんが、そういう綺麗じゃない感情や人間の汚さや理解し合えないもどかしさみたいなのをすごく上手に描かれる作家さんで、個人的には「美しいこと」がオススメです！
仕事終わりに女装をして男を引っ掛けて優越感を得る遊びにハマってしまった美形の主人公が、普段であれば見下している冴えないサラリーマンの男にピンチを助けられるところから始まるBLです。その後も主人公は女装した姿で女性としてその男性と交流を重ね、最初は半ば悪戯のような気持ちで相手に接していたのに、結果的には本気で相手のことを好きになってしまうんです。しかし、相手の男性に女装であると知られたとき、お互いの立場が大きく変わることになり……と言う感じの話です。もしもう既読でしたらすみません。すごく面白いので、もしよければ読んでみてください〜！

AruS3HUwです。お返事ありがとうございます、なるほどです。過去作からさらに一歩踏み込んで（？）「自身の感情にも気付かない」のをやりたいんですね。「互いに言及しない状態」がやりたいのは、互いに無関心な関係を書きたいからですかね。

・彼らの日常に波紋を起こす事件を起こすのはどうでしょうか。事件を通して、彼らの価値観を浮き彫りにします。名前も知らない隣人が死ぬ、みたいな事件だと純文学寄りに。心の声がときどき聞こえる特殊能力が身に付く、みたいな事件だとエンタメ寄りに。ふとした拍子に秘密のある裸を見た、はBL…？？ そのへんは好みで。

・「性悪説を信じてそれをテーマに創作をしている」なら、もう「全員性悪・関係性希薄」で良いんじゃないでしょうか。それこそトピ主さんの作品の個性と思います。「全員性悪・関係性希薄」なんだけど、生まれ育った環境が違う。事件によって置かれた立場が違う。とかで対立させていったらどうでしょうか。

・「ソクラテスはこう言ったけれど、僕は」「同性カップルが結婚式を挙げたというニュースがあったけれど、僕は」みたいに、登場人物たちの生活圏から離れた規模のデカい語りを入れる方法もあります。主要な登場人物たちは「全員性悪・関係性希薄」なままに、違う価値観を登場させることができます。ちょっと社会派な雰囲気が出ます。

・あとトピ主さんの書きたいもの的に、一人称にするか三人称にするかはすごい重要そうです。三人称なら、Aくんの内面だけ描いてBくんの内面は分からないままなのか、AもBも全部わかっちゃうのか。

役に立ちそうなところだけ使っていただければ幸いです。
応援していますー！