トピ主です。
追記失礼いたします。金銭でのお礼は具体的に言うと「5,000円のアマギフ」です。それとお菓子も添えられていたそうです。

お疲れさまです
アンソロのお礼が献本のみというのは別段珍しい話ではないですが、表紙を担当した方には金券なしで漫画を寄稿された方には金券ありというのは結構非常識だなと思います
表紙というのは一番目にしやすいアンソロの看板なわけで、むしろ看板担当には一番高額なお礼をするのが一般的だと思ってました。これはあくまで私の感覚ですが……
そんな主催者なら他にも何かやらかしてそうだなと思いました

労力を比べることはできないけど、20pの寄稿にギフト券と菓子折りを渡しているなら、カラー絵とデザインに献本だけで済ますのもなんだかなーとはなる。
（てか20pの多さの方にびっくりした。主催からたくさん描いてと依頼→その御礼に特別に謝礼、とかでは多分無いんだろうな）
本文を寄稿した他の人たちへの謝礼はどうなんだろう…一律なのか差があったのか…

表紙イラストはアンソロの顔なので一番謝礼が多いのが普通だと思います。

私もアンソロの表紙を担当してくれた絵描きさんを軽んじるようなことは考えられないです
せめて一律…いややっぱり表紙担当の方には特別な謝礼をすると思います

少しズレたコメになるけど
労力と引き換えって主催が思って謝礼に差を付けたのだとしたら20ページで5000円は安過ぎって思ったし、トピ主ももっと貰うべきだったよねって思っちゃった

それはモヤモヤしますね…。心中お察しいたします。
アンソロ主催、寄稿どちらも経験があります。寄稿の際に他の方と差があったかはわかりませんが、主催をした時は、表紙依頼した方も本文依頼した方も一律同じ謝礼（献本＋アマギフ＋菓子折）を渡しました。むしろ、表紙担当の方には「皆さんと同じ謝礼でと考えていますが、よろしいですか？」と伺ってOKをもらってから依頼しています。表紙担当してくださる方には多めの謝礼を渡すのが一般的と思っていたので…。