https://howto.clip-studio.com/library/page/view/comicstudio_tora_wakusen_044

これに書いてある方法でコマ作ってからレイヤーをラスターとフォルダに変換してpsdとかで保存すればSAIでも読み込めるのでは？

投稿者さんの主旨からは外れるかもしれませんが、こんな講座もありましたよ

https://www.pixiv.net/member_illust.php?mode=medium&illust_id=30392158

https://www.pixiv.net/member_illust.php?mode=medium&illust_id=46711498

自分も併用してた頃は、PSDファイルで中継するイメージでも作業していました。

もう１つやっていた方法としては、
クリスタで原稿ファイルを作成してコマ割りしたら、
SAI側はコマごとにファイルを作って、ペン入れから着色までし、
最後にクリスタの原稿ファイルに貼り付けていく方法です。

クリスタ側でコマ割りし、中を白で塗った段階でクリップボードにコピー出来るので、
それをSAI側の「クリップボードからファイル作成」でどんどんコマ用ファイルを作っていきます。
SAI側で作成するのは飽くまで透過PNGでキャラのみ。
背景や効果、漫符、吹き出しなどはクリスタの方が素材も多いので、編集作業としてクリスタで行います。
よほどクリティカルな修正でない限りは、SAI側に戻ることはありません。

SAIの方が描画速度も含めてとても描きやすいですが、漫画的な編集は苦手
クリスタは処理が重いですが、漫画編集はとてもしやすい。
それぞれのいいところを自分なりにやりやすい方法で落ち着いたやり方です。
参考までに。