それだけカラーが公式でもバラけているなら、読む側も気にならないと思います。

ヨヨとかそんな感じですよね。
気にならないと言えば気にならないけども、ある程度パターンが決まってるとしたらわかる人間からしたら気づくかなくらい。
「これはアニメ化のカラーリングだけど目の色が違うな？」とか。

わたしもj-j-思い出した。あんな感じでほんとに毎回バラバラなら全然いいと思うし、なんなら使ってないカラーで塗られててもそういうハイセンスなイラストなら気にならないかも。

私は気持ち悪いと思ってしまう
昔似たようなジャンル（原作ゲームとコミカライズとアニメ版全部で全員の大まかな部分のキャラデザと、一部キャラの髪の色や目の色が違う）にいたけど、推しキャラがその、髪の色と目の色が原作ゲームと違うキャラだったし、妙にその手の特殊性癖の人達に人気の高いキャラだったから、単体で描く人はそこそこ多かったけど、そこでデザインは原作ゲーム、髪と目の色は漫画版な人多かったんだけど正直めちゃくちゃ気持ち悪かったし気分が悪かった
漫画版も好きは好きだけど、あくまで一番好きなのは原作ゲームなので…

トピ主です。返答まとめて失礼します。
質問では省きましたがカラーリングパターンはもっと多いです（初期案とかゲーム版とか手持ちのアイテムの色とか）
ジャンルはヨヨではないんですが、ヨヨはすごく近いです（今まさに無料公開フェアの広告が出てきて吹く…）
アニメだと演出で別カラーが採用されてるシーンもあってとても関心しました。

各媒体カラーリングの（都合の）いいとこ取りみたいに見られるかな…とも思っていたので
今後は漫画はモノクロにするなど工夫しようと思います。回答ありがとうございました。