測る、図る、計る、量る

分かる 判る 解る

見る、観る
聞く、聴く

覗く、覘く
今でも意識してないと間違えそうになる

絶つと断つ

嘗める、舐める
映す、写す

温かい、暖かい

思う、想う　(憶う、懐う、念う)

探すと捜す

挙げてくださった方々ありがとうございます！
コメ2さんの「はかる」とコメ10さんの「さがす」は自分も特によく迷って分からなくなってしまいます。
他にも自分では意識してなかった語句を挙げていただけて、「おお、そういえばこれも悩むよね！」と感じました。
一応締めさせていただきますが、字書きさんの参考になればと思いますので、他にもありましたらよろしくお願いいたします。

勧めると薦める

耐える、堪える、絶える
超える、越える

覚える、憶える

聞く聴く尋く訊く

すみません、トピ主です。
引き続き挙げてくださってありがとうございます。

よく迷うのを思い出したので。
離す、放す

止める、留める
引き止める、引き留めるで、どちらにすべきか迷います

目、眼

側と傍
平仮名で「そば」にすることも多い

良い、好い、善い

聞く、訊く
付く、着く、突く(膝をつく……)

体勢と体制
両方体って文字が入ってるからか、一瞬変換ミスに気づけないときがある

充てがう、宛てがう

押さえる、抑える

捕らわれる
囚われる

治める 収める
何度調べても忘れちゃう

貼る、張る

漢字の使い分けときあかし辞典を読むといいよ
全部書いてある

開く、空く、明く

初めて、始めて

対照と対称

勧めると薦めるはたまにあれどっちがどっちだっけ…って思うことあるけど、その字が使われてる単語の意味を思い出すと大体分かるからそんなに迷わないかも