描かれているのが実在の人物であるから、それに限ると思います。

とある仲の良い男子中学生２人が、
実は隣のクラスの女子の腐のエサにされていたと知ったら、どう思うでしょう？
当人個人の気持ちの問題だけでなく、その２人の関係性まで壊しかねません。

腐カプに限りませんが、自分の妄想を実在の人物にぶつけることが、最悪の結果を生むことも考えられるわけです。

とは言え、じゃあナマモノ・半ナマすべてがNGかと言われると、私はそう思っていません。
似顔絵ファンアートに代表されるように、一般的にも認められている表現もあるからです。
認められているかは不明ですが、コラージュ作品なども世にたくさんあります。
それこそ、腐カプに限らなければ、
アイコラ（アイドルの性的なコラージュ）や風刺の効いた政治的なパロディ動画などもです。

自分の価値観ではなく、他人や当人の価値観で考えた時に、
それが喜ばしいものか疎ましいものかが基準かなとは思いますが、
その基準すら曖昧なものですので、明確に分けることは難しいです。

お絵描き趣味やオタク趣味が人権を得てきたということで、
ナマモノを普通の二次創作と同じように扱ってしまう若年層も増えてきてるのではないでしょうか。
Twitterでpixivリンクを安易に共有したりも出来てしまいます。
本来は閉じていたSNSが、だんだんと開いてきているからこそ、
マイピク限定公開という対応になっている繋がっているのかも知れません。

公式で誰と誰が付き合っていようが公式じゃない人間の考えた話は「勝手に恋愛妄想してるだけ」です。正気に戻って。
完全に公式設定の恋愛観と同じ立場で書けるという自負があるのなら隠さなくてもいいとは思いますが
OLの話なら、あれって公式内では男性役女性役は明言されていませんよね。
さて、全く受け攻めを決めず滲ませずエロもなくBL二次創作を出来る！と言い切れる腐女子がどれくらいいるでしょうね。
(そして公式の恋愛観そのものでも「役者の見た目」を模したキャラの過激な創作を鍵無しで公開するのは論外です。BLではなくて普通の女優や子役で考えてください。「これはドラマのキャラだから」と言って女優や子役の似顔絵のエロ絵を公開していいと思いますか？)

また、上記の事は「腐女子」に関してだけですが、公式が二次創作についてどれくらいの知識があるかも考えてください。
漫画アニメゲームという二次創作になりやすいジャンルは制作者自体が何かしらのオタクである事が殆どです。
二次創作は熱心なファンのしている事で公式に損害を与えるつもりはないというのもわかっているし
例えば二次BL同人誌などを送り付けられてもどう対応(知らんぷり)すればいいかのノウハウがあるでしょう。
でもドラマの制作陣やスポンサー、TV関係者、役者…がそれだけの知識、ノウハウがあると思いますか？
もしかしたら知識がある人がいるかもしれません。でも「もしかしたら」に賭けて、たかが趣味で危ない橋を渡る必要性はありますか？
視聴者層もアニメ漫画ゲームとはまた違う層でしょう。何が起こるかわかりません。
いつもとは勝手が違う場所だから、楽しく活動するためには隠れた方が安全安心なだけです。
だって二次創作なんて「わかってる人たちと楽しく妄想をやりとりする」のが第一なんですから。

トピ主です。
最初の質問にも書きましたとおり、二次創作はすべてデリケートだと思っています。
そもそも年齢制限のある作品は最初から隠しておくべきだと思っています。
その中にあって今まで、作品を一般の方が見られる場所に置いていた方々が急に『デリケートなジャンルだから』と言って作品をしまわれてしまったので、そう思っていたなら最初からしまっておけば良いのにと思っています。
今回の件は一種のパニック状態で、付和雷同的に行動されているように思います。
元々危機感を持っていた方は早い段階から作品を隠していました。

なので今ごろになって『デリケートなジャンルだから』と言って慌ててマイピク収納されている方はどういう意味で使っているのだろうと思い質問させていただきました。

ただその一方でまったく性的な表現のない文学域に達しているような作品までいっせいに収納されてしまったのは過剰反応すぎる気がしています。

その人たちは最初は他ジャンルと同じように思っていた、しかし何かしらのきっかけで隠した方が良いと気づいた、だから隠したというだけではないですか？
今頃になって…と言われても、その方々が今知ったのなら何もおかしくありません。
後から知ったからこそ、どこまでがOKかわからずに一斉に隠してしまうのも頷けます。
文学域に達する…というのはその作品を見ていませんので何とも言えませんが、二次創作である以上は他の作品と同じ対応をとるしかないでしょう。作家本人が「自分の二次創作は文学だから全体公開してもいいはず」等と仰っていたら噴飯ものですし。
また本当に「文学域に達している」としても、それはそれで公式と混同される危険性があるので隠すべきです。出来が良すぎると、偶然発見した同人を知らない層が「公式のスピンオフ(やノベライズ、没になった別脚本等etc)だって！読んでみて！！」とチェーンメールのように広げてしまう可能性がありますから。

半生・生の危険性くらい二次創作活動を始める前に調べておけよ…という意味であれば同意しますが、昔に比べて二次創作を簡単に発表できるようになってしまったし、オタクが市民権を得て二次創作自体が身近な趣味になり、昔であれば身近な人(友人の姉等、オタクの先輩)に聞く→発表するだったのが、発表する→人に聞くの順番になっているのも仕方ないかなと存じます。
過剰反応であれば、そのうち落ち着くでしょう。