私は商業誌でのお仕事の経験が一社しかないので、一般的なことかは分かりませんが、漫画のオチやセリフが変更されることはあっても、1から10までプロットを作られたことはありません。
ただ、担当さんもお忙しい中で、トピ主さんのためにプロットを作ってくれたということは、それだけ期待されているのではないかと思いました。
応援しています！頑張ってください！

そのボツっていうのは、企画会議に通らなかったの？それとも担当さんがOKを出さなかったの？　それによって印象変わるのだけど…。担当さんがOKを出さなかったなら、その担当さんの好みじゃなかっただけってことはないかな。編集会議に全然通らなくて見かねて…ってことでも、担当さんがこれから先もずっと同じ人ってことはないし、これから先漫画家を続けていくなら自分で作れないとと思うよ。ただ、その出版社にあうあわないもあるから、トピ主がダメって決めつけないで、他の人にも見て貰うとかしたらどうかな。知り合いは長い間全然担当さんのOK貰えなくてくすぶってたけど、他の雑誌の賞に出したらデビュー出来てたよ。

編集者が好みを押し付けてくる時もあって爆死から責任も何も持たないと言う業界なので、何とも言えないですが、今回頂いたプロット自体が客観的に面白く感じて、貴方がネームや作画の工程で萎えたりしなければ良いと思います。

プロットを最初から用意してくる編集部もありますので、そんなに気にしなくても良い気がします。これは私の作品ではないとモヤモヤしながら作ることに抵抗感が無く楽しめると感じたら頑張ってみてください。