馬に関しては半生というかほぼ生というか……実物が近い年代や現代に存在する、もしくは馬主さんがご存命だから、というのもあるかと思います
いっそ三国史とか戦国時代の馬レベルで昔の馬なら武将や偉人を擬人化したレベルになるとは思うのですが、余りにも近いので……
自分の子供の様に認識している馬主さんからすれば、自分の子供を性転換させられた上に他人のおかずにされるのは中々アレでしょう
一般人的な感覚なら、自分のペットを隣人に萌キャラ化されておかずにされている感じでしょうか？

更に言えば、まあ……元ネタ部分で大金が動いていますから、ガチで対策や報復されるとまず勝ち目が無いというか何というか。まあ、色々でしょうね

このあたりのトピとか読んでみたらどうでしょう。
　ウマ娘の二次創作に関する質問です。
　https://cremu.jp/topics/13535
　ウマ娘の成人向け二次創作はガイドラインで禁止されていますが
　https://cremu.jp/topics/4642
　ウマ娘のガイドラインと、二次創作について
　https://cremu.jp/topics/13397

ちなみに、ウマ娘のパンチラはゲームOPでしてたりはします。
とは言え、性的表現が成人向けはアウトにしろ、非成人向けでも
どこまでがセーフでどこからアウトなのかというチキンレースを
経済力もあり影響力も強いサイゲと馬主相手にしようって人がほとんどいないだけです。

過去には馬主さんに凸してエ□絵を描いていいかどうか聞くような人もいたり、また好きにファンアートを描いて良いですと言った馬主さんに「エ□絵も許可出たぞ―」と一部オタクが騒いで「無粋」と馬主さんに一蹴されたこともあります。
本来、ウマ娘の元となった名馬は馬主さんの権利の範疇ですが、ウマ娘のキャラクターたちはサイゲの権利ですので、馬主さんがどうこうできる問題ではありません。

しかし、サイゲ自体が過去にウマ娘の企画を立てた際に、
許可なく名馬の名前を使っていて馬主さんたちに怒られた経緯があります。
　ディープインパクトがウマ娘出演NGになっている1つの理由
　https://d-imp.com/umamusume/
そうった過去もあり、サイゲとしても馬主さんの顔色を伺っている状態です。
馬主さんが訴えろと言えば、サイゲはそれに従うしかない力関係でもあります。

そのため、ウマ娘で成人向けエ□を描くことはかなりリスキーであり、
頒布停止勧告などを通り越して即訴訟なんてことも最悪考えられます。
そんなリスクを犯してまでウマ娘で成人向けエ□を描こうという人がいないだけです。

かつてのディズニーと同じように、二次創作する上で制約があるジャンルの１つとなっています。
ディズニー版権も今はファンアートOKだったりしますが、未だにディズニー二次創作の印刷を受け付けない印刷会社さんはあります。

元ネタの馬は実在していて、育てた方や馬主さんには家族のような存在だそうです。
その家族がキャラクター化されたのちに、可愛くイラスト描かれるまでなら一般の方の想定範囲内でしょう。
ですが、レ○プされていたり、露出させられたり、他の人の欲を満たす良い道具にされていたら、どう思いますか？
そして権利を貸し与えたのはゲーム会社のみだったのに、関係のない許可していないはずの人たちがお金儲けの道具として使い始めたら、混乱したり怒りを抱いたり、自分の家族が汚されたような気持ちになるのではないでしょうか。
その結果、馬主さんが権利の貸し出しを取りやめる結果も想像できます。そうすると登場キャラは減り、ゲーム自体が成り立たなくなります。
なのでサイゲ側はファンたちの活動を成り立たせつつも、線引きを求めるあのようなガイドラインを策定したのだと思われます。

実際に構想の段階ではキャラデザがあったのに、ゲームには実装されていないウマ娘もいるはずです。
明言はされていませんが、権利者との話し合いが上手くいかなかったか、許可が降りなかったと想像されます。
馬の様々な権利を持っているのが馬主さんなので、力関係はサイゲより馬主さんの方が上なのです。

この権利者の存在が、他の版権との違いかと思います。
プ○キ○アの版権元は苦言を呈した事はあっても現在ひとりひとりを訴えようとしたりする動きはありません。
しかしウマの場合はサイゲの後ろに個々人の考えで勝手に裁判も起こせる権利者が山ほどいます。その権利者は家族の尊厳を守るために裁判を起こす経済的な余裕もあります。
そしてその権利者たちはアニメ・ゲーム製作に関わる人たちではないので、オタクの二次創作文化に寛容である必要がありません。潰れても構わない人たちです。訴えられるリスクは比較的高いです。

以上のような理由から、ウマ娘の二次創作の状況が生まれているのだと思います。