色々と条件が分からないのですが、トピ主さんは漫画でのオフ活経験はそこそこおありですか？
漫画なら大抵は1ページにつき1ファイルを作っていくと思いますが、文字は複数ページを持つPDFファイルがひとつになります。
たまにわざわざ『PDFファイルをPSDに分解して入稿』するという方をお見掛けしますが、すると文字が文字ではなく画像となる為（少し違いますがニュアンスとしてはベクターがラスタライズされた感じになります）、仕上がりが荒れてしまいます。

一般的に漫画は漫画で通常の画像ファイルで、文字のページはPDFのかたまりのままで、ファイル形式混在の状態で入稿するのが良くある形です。
これの意味が分からない場合は、入稿を予定する印刷所に問い合わせましょう。漫画と小説が有るのでファイル形式が混じってしまう、この場合はどう入稿したらいいのか？と。
正直、ここで聞くよりは、ネットで同人誌印刷所のホームページを周り、『よくある質問』や『入稿データの作り方』のようなところを見て回った方がいいです。
それでおおよそが分かったら、『この方法で間違いありませんか？』と予定する印刷所に問い合わせましょう。

何故なら利用する印刷所によって、詳細が違うからです。