他の回答者さんとも一部かぶりますが

■釣り銭入れ
まず釣り銭用の入れ物を用意します。
100円ショップでプラ製の「100円玉入れ」「500円玉入れ」がお手軽です。
全種類対応の釣り銭入れだと使わない１円や５円のスペースが無駄になるので。

お札関係は「小物入れの箱」か「大きめのクリップ」が便利です。
箱であれば上記の釣り銭入れも収納できたりします。

私はamazonなどでも売っている100円玉用「コインシリンダー」を愛用しています。
最近は同人グッズで即売会用の500円玉用「コインシリンダー」もあります。
バネ内蔵で片手で硬貨を数えながら１枚ずつ出せる代物です。
これら両方があると買い物だけでなくサークル側がお釣りを渡す時にも非常に便利です。

■ちまちま貯めていく
普段の買い物は1000円札と50円以下の小銭で行い、100円玉と500円玉を貯めていくという作戦です。
この時、普段の財布とは別に「小銭入れ」があると便利です。
集めたい100円と500円だけ別にまとめられるので。
私は「がま口財布」を愛用しています。

案外500円玉が貯まらないものなんですが、交通系電子マネーは500円チャージできる券売機もあるので、そこで500円玉もゲットできます。

■まとめて両替
銀行のキャッシュカードなどを使えば手数料なしに銀行で両替できます。（銀行により上限違います）
三菱UFJは１日１回10枚まで無料、三井住友は両替機なら１日１回500枚まで無料。
地方銀行系は手数料が基本的に必要など。

私は三井住友利用者なので、お釣りがない時は5000円→500円10枚、2000円→100円玉20枚、1000円札5枚くらいをお釣り用として両替機でまとめて用意します。
開幕１万円札で買い物してくる人はもうほとんど見ませんし、一般参加者も小銭をしっかり用意してきたりするので、言うほどお釣り用の小銭は必要なかったりもしますが、用意はすべきですからね。

■やってはいけないこと
よくあるのがゲームセンターで「両替だけ」する、というものです。
両替自体が店のサービスなので、お店を利用しない人が両替だけを目的とするのはNGです。
友人はゲームセンター通いのゲーマーなので日常的に両替もしていて、自然と小銭が貯まっていたようです。
私も友人に付き合ってゲームセンター遊びを３日くらいしてお釣りを貯めたことはあります。

■サークル参加用の釣り銭は別で保管
イベント終了後もお釣り用のお金はサークル参加セットの中に保管するようにしています。
一度お釣りを用意すれば、次回以降改めて用意する必要がなくなります。