自分の場合ですが、四角い枠を使う時は、神視点のモノローグ(「三日後」とか)がほとんどです
枠なしのモノローグを使う時は、特定キャラの心の声が大きいのをギャグっぽく表現する時が多いかな？
例えば、アホなことを言ってる奴を見ている後ろ姿のキャラにかぶせるように「お前が言うな」と大きくテキストをかぶせる、みたいな…

見せゴマでわざと大きく余白を作ってる時や、するっと読んで欲しい時（印象には残って欲しいけど、物悲しさなどをだしたくて、圧を強くしたくない時）は枠線なし。
色々なことを想起・回想しながら考えてるとき（トーンかけたコマを密集させてる上に置くとき）は四角枠つけてる。

でも基本は見やすさ重視かな。

画の密度を上げたいときとか状況説明的なモノローグとか日常場面では枠線つける
ロマンティックなシーンとか大切な場面で心情を読ませたいときはつけない
なんとなく枠線つけると少年漫画、つけないと少女漫画っぽくなる気がしてます
迷ったときはしっくりする方にしてます

・枠なし、あるいはフラッシュの中のモノローグ＝リアルタイムの心の声
・枠つきのモノローグ＝神視点（ドラマのナレーション的なもの）
として使い分けてます
直感的にこっちかなーと決めることもありますが…

枠付き＝ちょっと説明っぽい(あの時、確かBが○○していたので～ｳﾝﾀﾗｶﾝﾀﾗ)
枠無し＝短めな感情的な文(それからもう、Bは帰ってこなかった)
みたいな感じで分けてる

枠なしは分析とかそっかーみたいな返事とか、早い独り言的なイメージ
枠ありは思い直すとかじっくりじんわり浸透する考え的なイメージ

自分の中では
フキダシ付きの脳内音声→枠なしのモノローグ→枠ありのモノローグ
の順で左から主観的→右にいくほど客観的
というイメージで使ってます
なので枠ありのモノローグは説明的だったり、
キャラがその場から離れて天の声みたいに喋ってるイメージです

みなさんコメントありがとうございます！
個人差はあるようですが、なんとなく理解することができました！