自分も上手く変換で出せないからワードパッドからコピーして適当な喘ぎを文字登録して使ってる
有識者でなくてごめん

フォントの選択肢が狭まっちゃうんだけど、濁点の差分があるフォントがあるからそれを使ってる
濁点をつけたい文字「か」だけそのフォントに変更すると「が」って表示される感じ
手間はかかるけど濁点だけズレることは絶対ない

これとかどうだろ
2年前の記事だけど参考になれば
https://note.com/kashiri/n/n260d0fc638bc

皆さん多くの意見ありがとうございます。結論から申し上げますと、>4に貼っていただいたリンクの手法でどうにかなりました。結合用濁点の縦中横の手法を取りましたが、pdf出力してもさしたる問題がなかったので、今度からはこの手法で組版していきたいと思います。

皆様ありがとうございました。念のため添付予定だったファイルも添付しておくので、もしこの手法で何か問題が発生した経験のある方がいらっしゃいましたらご意見いただけますと幸いです。