マナーやルールは知りませんが毎週末に１個ずつあがるケースがすきです
週末の楽しみになって個人的にうれしいです

ジャンルにもよりますが一般的な目線で考えると、その長さなら最低5作（5000字以上）はまとめた方が無難でしょう。
できれば最初のページに各作品へのリンクや簡単な説明を付けておくと読みやすいと思います。
あと、可能であればある程度特定のテーマ（キャラや団体、カップリング等）に沿って一作品にまとめた方が親切でしょう。（特定のキャラやカップリングを贔屓にしている人が読みやすいですし、逆に苦手な人は避けやすくなります）

ジャンルによるかなと思いますが、１０００字はあまりに短くて一本ずつUPすつのは細かすぎかと。
自分のジャンルでどれくらいの文字数でみなさん上げられてるのか確認してみては……
投稿が頻繁でないジャンルだと検索したら同じ人の短い話ばかりになって敬遠されることもあります。
前にここで１０万字を２５回に分けて連載していた方（一話４０００字程度）がブクマが伸びないとおっしゃっていましたが、
一話が短過ぎというコメントが多かったです。
https://cremu.jp/topics/11083

全文まとめて何万字になりますか？５万字程度まででしたら一本で全然いいと思います。

主なメリット・デメリットはwkmWbp89 さんの内容に同意。

後は２日に一度くらいの投稿頻度で小出しにしていくことで連載感を出す、コンスタントに作品を出してる印象を読み手に与えることが出来ます。
単発でまとめてアップすると露出頻度が低いので一度見逃されるとなかなかファンが増えたりしませんが、露出頻度を（鬱陶しく思われない程度に）高くすることでいろんな人の目に付きやすくもなります。

界隈の更新頻度を鑑みながら、何日に１作アップすれば適度な露出頻度か考えながら作品を定期的にアップするメリットもあるということを紹介しておきます。